エピソード名	内容
光る目玉	銀河系を取り巻くバリアを突破しようと試みたエンタープライズは謎の磁気嵐に遭遇、二人の乗組員（ミッチェル、デナー）がその影響で驚異的な超能力を得ることとなった。二人の超能力はどんどん成長していき、危険を感じたカークは無人の惑星に置き去りにしようとしたがミッチェルが自分は神だと主張し逃亡してしまう。フェイザーライフルをもって追跡したカークはミッチェルに殺されそうになるがデナーが助ける。二人を勤務中に死亡と報告し惑星を後にするのだった。
謎の球体	宇宙ブイがエンタープライズの前方に現れ、危険な放射能を発しつつ近づいてきたため、やむなく破壊した。その直後、巨大な球形の宇宙船が現れ、破壊すると通告された。カークはエンタープライズにはコーボナイトという自爆システムがあり、攻撃を受けると相手も一緒に破壊されるとはったりをかける。宇宙船に乗っていたのはカーク達が本当に平和を望んでいるかを確かめていただけの子供の姿をした宇宙人であった。
謎のビーナス	違法な宇宙船を追跡していたエンタープライズはその宇宙船からハリーマッドと3人の美女を転送する。追跡の際にディレチウム結晶を使い切り近くの鉱山惑星へ赴く。マッドは3人の美女を坑夫達に売っており、美女を渡さないとディレチウムを渡さないとカーク達に通告する。しかし、3人の美女達はビーナスという薬で美人を保っていた。その事実に怒った坑夫達だが、3人の女の心の優しさにふれ結婚した。マッドは捕まり裁判を受けることになった。
二人のカーク	惑星アルファ177から採取した鉱石で転送装置が異常になった。惑星上から帰還したカークが転送室をでたあともう一人カークが転送台の上に現れた。後から現れたカークは凶暴で秘書のジョニーを襲おうとした。ジョニーの証言からもう一人のカークがいると気がついたカークとスポックはもう一人のカークを捕まえる。惑星上では調査班が氷点下の気候に耐えていたが、カークは決断ができない。スポックは凶暴な面が決断力を持っており、二人は再び一人にならなければならないと言う。医療室で入れ替わった凶暴なカークは調査班を見捨てて、次の惑星へ行こうとするが、もう一人のカークがあらわれ、互いに悪い面もよい面も必要だと説得し一人に戻り、修復した転送機で調査班を救出した。
惑星M113の吸血獣	考古学者のロバートとナンシーの所へ物資を運んできたエンタープライズだったが、上陸班の二人が塩分を抜かれて死んでしまう。ナンシーは実は塩を他の生物から吸収する異星人で自由に姿を変えられるのであった。マッコイに化けてエンタープライズに乗り込む異星人だったがスポックとマッコイに退治される。
魔の宇宙病	惑星サイ2000の科学調査班の元へ向かったエンタープライズだったが、科学基地は生命維持装置が停止し皆狂ったような状態で死亡していた。上陸班がエンタープライズに戻ってきたが、船内に酔っ払ったような症状を持つものが次々と現れた。ライリー大尉は機関室を占領し、エンジンを止めてしまい、エンタープライズは墜落し始めた。マッコイは病気を解明し、スコットも何とか機関室を取り返し、不可能とも言うべき、エンジンの短時間の再始動を成功させ無事脱出する。
セイサス星から来た少年	無人のセイサス星へ難破し14年間も一人で生き残っていったチャーリーという少年をアンタレス号から受け取った。がその後すぐにアンタレス号は破壊された。チャーリーは強力な超能力を持っており、エンタープライズを占領してしまった。カークはエンタープライズを操作できないようにしたとき、セイサス人があらわれた。彼らは肉体を持っておらず物質的な欲求を持っていなかったが、難破した少年に同情し、超能力を与えたのだった。だが、その超能力のために人間社会では生活できないとセイサス人はいい、チャーリーを連れ去るのであった。
宇宙基地SOS	中立宙域をパトロール中のエンタープライズは植民地を攻撃しているロムラン宇宙船を見つける。ロムラン宇宙船は遮蔽装置で姿を消しながら逃走する。追跡を開始したエンタープライズは敵船の通信を傍受したがその姿はバルカン人と同じで、乗組員はスポックに不信感をもつ。敵船からダメージを受けたと見せかけ、彗星の尾におびき寄せ姿を見せた宇宙船に攻撃し航行不能にした。敵艦の船長と状況が違ったら友人になれたかもしれないと会話し、自爆してしまう。
コンピュータ人間	エンタープライズは惑星エクソ３を訪問した。そこにはコービー博士が住んでおり、看護婦のチャペルの婚約者であった。カークとチャペルは惑星に上陸する。コービー博士はアンドロイドを作る古い機械を発見しており、エンタープライズでアンドロイドを広めようとしていた。カークの複製を作ろうとした際にカークはスポックへの反感を強く思い、偽カークが船に戻ったときにスポックに反抗する。スポックは偽物に気づく。コービーは自分が機械のようになったとさとり自殺した。
悪魔島から来た狂人	エンタープライズは惑星が刑務所になっているタンタルス5に物資を運んできた。その惑星から逃げ出してきた患者を診察するとアダムズ博士の助手サイモン博士であった。カークとヘレン博士が惑星を訪問してみるとアダムス博士は神経中和装置を使い、惑星を支配していた。カークも装置にかけられるがスポックが植民地の電源を切り救出する。アダムズ博士はその装置で誤って死んでしまう。
400才の少女	ある荒れ果てた惑星に上陸するが、大人は一人もいないで子供しかいない。しかし、子供たちは生命延長実験で100年以上も生きているのであった。上陸班は大人にのみ感染する病気にかかったためマッコイが解毒薬を発見しようとするが、子供たちは通信機を盗んでしまい、艦と連絡が取れなくなってしまう。カークに恋したミリという少女の助けで通信機を取り戻す。マッコイが解毒薬を合成し、自ら試す。その結果上陸班と子供たちは助かるのであった。
殺人鬼ゴトス	レイトン博士に呼ばれカークは惑星Ｑへ行った。レイトン博士は俳優カリディアンがタルサス4で大量虐殺を行ったゴトスだと疑っており、生き残りの一人のカークに確認をさせようとしたのだ。だがレイトンは殺されてしまい、カークも殺されそうになる。もう一人の生き残りのライリー中尉もゴトスだと気づくが毒殺されかかる。だが、ゴトスは常に罪の意識にさいなまれており、その娘のレノールがレイトン殺人の犯人だった。彼女は誤って父を殺してしまう。
ゴリラの惑星	マーカス3に医療品を運搬中のエンタープライズは天体ムラサキ312に遭遇する。シャトル「ガリレオ」で調査を行うようにスポック達を派遣したがシャトルは惑星上に不時着してしまう。惑星連邦高官フェリスは調査を打ち切り元の任務へ戻るように命令する。スポック達は惑星から脱出するための手段を考えるが原住民の襲撃をうけて乗員が死亡する。スポックは冷静に論理的に対処するが皆の反感をかってしまう。フェイザー銃のエネルギーで惑星を脱出するためのエネルギーを得て、脱出を試みるが重力圏を脱出できない。スポックは燃料を投下することでエンタープライズに居場所を教え、救出されるのであった。
宇宙軍法会議	エンタープライズがイオン嵐に巻き込まれたときに担当士官フィニーがイオン観測室に入っており、嵐が激しくなってきたので退避警告を出した後切り離したが、その時フィニーはまだ観測室にいた。しかし、コンピュータの記録では退避勧告を出す前に切り離したことになっており、カークは軍法会議にかけられることになった。検察官はカークの旧友のショー大尉で彼女が推薦した弁護人が法律家コグリーであった。スポックはチェスプログラムが自分より弱くなっていることからコンピュータが書き変っていることを発見し、コグリーはコンピュータに振り回されるなと法廷で弁護する。法廷をエンタープライズの中に移し、乗っている人数を確認するとフィニーはまだ生きており、過去のカークの報告で自分の出世が妨げられたと逆恨みをしていたのだった。
タロス星の幻怪人　前後	スポックが前のエンタープライズ艦長のパイク大佐を収容した。彼は事故で半身不髄の状態になっていたのだ。スポックは禁止されている惑星タロス4に進路をとっており、操舵不能になっていた。カークはスポックを軍法会議にかけるが、彼は始めてタロス4を訪問したときの記録を見せるのであった。タロス4の住人は強力な幻を扱うことができる種族で、半身不髄になったパイクもその幻の力で幸せに暮らせるのだとスポックは考えたのだ。実は軍法会議に出席していたメンデス准将も幻で軍法会議はカークに目的を理解させるためにタロス人とスポックが作り上げたものだった。宇宙連邦司令部も転送許可を与え、スポックの罪を問わないこととした。
おかしなおかしな遊園惑星	地球に似た惑星を調査中のカークは乗員に上陸休暇を与えることにしたが、マッコイは時計を持った白うさぎとアリスを見、加藤は銃を発見する。カークは士官学校時代にいじめられていたフィネガンと元恋人のルースに会う。チャペルがドンファンに襲われそうになり、マッコイが騎士に殺されてしまう。カークとスポックは頭の中に思っていることが現実になっていると気づき、上陸班全員に何も考えるなと命令する。老人が現れ、この惑星は娯楽のための惑星で望むものは何でも出てくるといい、殺されたマッコイも二人の美女を引き連れ現れる。カークはあらためて、上陸休暇を許可し、自分も休暇を楽しむのであった。
ゴトスの怪人	エンタープライズは惑星ゴトスの軌道上から離脱できなくなった。惑星上にはトリレーンという不思議な人物とあう。強力な力をもっているがやることなすこと支離滅裂で、昔から地球を観察していたのだと言う。カーク達はおもちゃの様に扱われる。壁の向こうの機械装置がトリレーンの力の源と考えたカークは機械を破壊するが、じつが彼自身が強力な力を持っていたのだった。かれはカークを処刑しようとしたがトリレーンの両親であるエネルギー体が現れ、子供の非礼をわび、子供を連れ帰ったのであった。
怪獣ゴーンとの対決	セスタス3の宇宙基地へ向かったエンタープライズは襲撃を受ける。その宇宙船を追跡し、メトロン星の領域へ侵入したところメトロン星人が介入し、敵のゴーン星人とカークの二人が戦って負けたほうの宇宙船を破壊すると宣言する。ゴーン星人は怪力の爬虫類型宇宙人で肉体ではカークに勝ち目がなかったが、武器を作り勝った。負けた相手のとどめを刺さないカークの姿にメトロン星人はいつか友好関係を結ぶことができるだろうと2船を解放した。
二つの宇宙	エンタープライズは宇宙の重力異常を感知する。宇宙連邦は何者かの侵略行為の前兆と考えエンタープライズに調査させる。重力異常の中心となった惑星上でラザラスという人物と会う。彼は反宇宙との次元回廊を開いて向こう側へ通過したときに重力異常が起きたのだという。反宇宙からもう一人のラザラスが現れ次元回廊をさらに広げようとする。こちらのラザラスは次元回廊内で向こうのラザラスを罠にかけその間に次元回廊を閉じることにした。ラザラス二人は永遠に争い続けることになった。
宇宙歴元年7.21	ブラックスターの重力から脱出するために全動力を動員したエンタープライズは時間の壁を破り、1969年の地球に来てしまった。アメリカ空軍のレーダーに見つかり、上がってきた迎撃機を近づけないために妨害光線を出したところ機がばらばらになってしまい、パイロットのクリストファーを艦に転送してしまった。彼の将来の息子は来るべき火星探検のリーダーとなる人物で地球に返さなければならなかった。また、エンタープライズに関する写真などを基地から消去する必要もあり。カークは基地に潜入した。写真は処分したがカークは捕まってしまう。スポックとクリストファーがカークの救出に行ったがクリストファーはそのまま帰還するつもりだった。スポックの機転で連れ戻し、太陽の引力を使って時間を戻る方法を考えた。その際に時間を少し逆行し、エンタープライズと会う前のクリストファーとして転送した。エンタープライズは無事元の時間に戻ることができた。
ベータスリーの独裁者	USSアルコンの消息を求めて惑星ベータ3に来た。上陸班の加藤は光線に打たれ何者かに操られた状態で艦に収容された。カーク達が上陸してみると住民達は普通に生活しているが、今日は12時間お祭りで狂気とも言う乱痴気騒ぎになる。星はランドルーという支配者によって支配されており、住民はコントロールされていた。カークはランドルーが何千年も前にプログラムされたコンピュータであるのを突き止め、これを破壊した。住民はこれから自分の力で統治していくことになった。
コンピュータ戦争	惑星エミニア7を訪れたエンタープライズであったが、上陸したカーク達に隣の惑星と戦争中で危険だという。そして、敵から攻撃を開始されたがスポックのトリコーダでは攻撃が検知できなかった。さらにエンタープライズが攻撃を受け大破したと報告を受けるが、エンタープライズは無傷で軌道を回っていた。彼らはコンピュータのシミュレーションで戦争をしており、死亡と判定されたものは分解マシンで死ななければならなかったのだ。カーク達は監禁されるが脱出し、コンピュータを破壊してしまう。指導者達はこれで本当の戦争になってしまうと恐れおののいたが今こそ悲惨な戦争になる前に和平をすべきだとカークは諭すのであった。
宇宙の帝王	1990年代後半に打ち上げられた人工冬眠船を発見し、中の乗員を起こす。彼はカーンといい1990年代の優性戦争と呼ばれる戦争を起こし、DNA操作された強化人間の指導者であった。かれは仲間を冬眠から覚まし、エンタープライズを乗っ取る。歴史家マーラはカーンに憧れ彼の手助けをするがカーク達が殺されそうになるとこれを助ける。麻酔ガスで再びエンタープライズを取り戻したカーク達はカーンに投獄されるか未開拓のセティアルファ5で開拓していくかを選ばせると、彼らとマーラはセティアルファ5で自分たちの国を作ることにした。
死の楽園	オミクロンセティ3がバーソルド光線を浴びたため植民者が全滅してるだろうと調査しに行ったエンタープライズは全員健康でいるのを発見する。ある植物の胞子が人間に寄生するとバーソルド光線から守られるが、無責任になり自堕落していくのだった。エンタープライズの乗員が胞子の影響で次々と惑星上に降りていきカークも胞子に汚染されたが、エンタープライズから離される怒りから、怒ると影響がなくなるのに気がついた。彼はスポックを怒らせ、元の状態に戻し、乗員全員から胞子の影響を取り除く装置を組み立てた。
地底怪獣ホルタ	惑星ジャニス6で鉱山の坑夫が未知の生物に次々と殺されていた。エンタープライズは怪物の退治を頼まれ、カーク達一行は調査を行う。生物は原子炉の重要部品を盗んでいき、そのことから高度な知的生物であることに気がつく。カークが襲われたときに、なんとか相手を食い止め、スポックに精神融合で会話を頼んだ。すると、坑夫達が掘り進むことで自分の卵が次々と壊されているので抵抗していたのだと分かった。マッコイを呼びだし治療を命じる。ほとんどの岩のような成分の怪物に「私は石屋じゃない、医者だ」といいながらも傷を治療し、彼らと坑夫は共存することとなった。
クリンゴン帝国の侵略	クリンゴン帝国との境の重要拠点であるオーガニアに派遣された。オーガニアの評議会はいつも笑顔でどちらも脅威ではなく、構わないで欲しいという。クリンゴンが大挙して現れ、エンタープライズはカークとスポックを残し、撤退を余儀なくされる。クリンゴンに占領されたオーガニアであるが住人達は気にした様子もない。カーク達は住人に立ち上がってもらうためにテロ活動を行うが住人達はなにもしない。全面戦争の開戦が迫った来たところで、オーガニア人達はこの姿は仮の姿で実は純粋なエネルギー体であることをあかし、野蛮な行為をクリンゴンと連邦の武器全てを使用不能にすることで野蛮な行為を止めた。かくして、強制的ながら和平を結ぶこととなった。
危険の過去への旅	ある惑星から時間の波が発生しており、エンタープライズはその惑星に向かっていた。時間の波の揺れでマッコイは誤って自分に大量のコルドラジンを注射してしまい、半狂乱になり、惑星に降りてしまう。マッコイを探して惑星におりたカーク達は時間の守護者と呼ばれる門のような物体に会う。それは歴史を見ることのできる窓であった。その中の歴史を観察中にマッコイが時間の門の中に入ってしまい、その瞬間エンタープライズが消えてしまう。マッコイが過去で歴史を変えてしまったのだ。カークとスポックはマッコイの後を追い時間の門をくぐった。そこでエディスキラーとい進歩的な福祉家の女性と会う。当時の部品で記憶装置を作ったスポックはエディスに二つの未来があることを突き止める。エディスがマッコイに交通事故から助けられると、彼女の平和運動でアメリカの第二次世界大戦参戦が遅れ、ドイツに原爆開発の先を越され、ドイツ帝国が世界を支配することとなるという。カークはエディスに魅かれており、その事実に苦しむ。そのころマッコイはエディスに介抱されていた。カークはエディスと映画を見に行くときにマッコイが彼女に介抱されていると聞き急いで戻る。彼女のアパートの前でマッコイと会ったカークが振り返ると、エディスが道を渡ってきており、車が横から走ってくるところであった。マッコイは助けに飛び出そうとするが、カークはそれをおしとどめる。マッコイが「君は何をしたか分かっているのか」となじるとスポックが「よくわかっている」と代弁した。歴史が戻ったことでカーク達は元の時代に戻ることができた。カークは「この地獄から早く帰ろう」といい惑星を後にした。
デネバ星の怪奇生物	エンタープライズはカークの兄夫婦が住んでいるデネバへ向かっていた。その時、１隻の宇宙船が太陽に向かっており太陽近くで歓喜の声を上げて死んだ。惑星に上陸してみるとカークの兄は死んでいた。ビザパイのような大きさの生物が巣くっており、その生物は人間に寄生しその人間を思い通りに操っていた。スポックがこの生物に寄生されてしまう。太陽に飛び込んだ宇宙船が強力な光でこの生物の寄生を取り除いたということに気がつき、スポックに強力な光をあて生物を殺す。しかし、強力な光のため失明してしまった。その時の記録から紫外線を当てれば生物が死ぬことが分かり、惑星上に紫外線を放射する。スポックは一時的に失明しただけで、バルカン星の強力な光から目を守るためにまぶたが二重になっていたのだった。