エピソード名	内容
惑星パイラスセブンの怪	惑星パイラス７から上陸班の一人だけが死体になって戻ってきてその口から警告を受ける。カークはスポックとマッコイを連れて惑星に降りる。霧の中で古城を発見するが、中に入ったところで捕まってしまう。そこで不思議な力を持ったコロブとシルビアという男女と出会う。彼らはこの世界を調査するためにカーク達を捕えたのであった。シルビアは次第に暴走し、このことに恐れたコロブはカーク達を逃そうとするがシルビアに殺される。カーク達は彼らの力の源である杖を破壊すると幻影は全て消え、コロブとシルビアは杖なしには生きていけない昆虫のような小さい生き物であった。
華麗なる変身	連邦次官のナンシーを病気治療のためシャトルで移送中にガス状生物に捕まり小惑星に連れていかれた。そこには、ワープ航行の発明者で、１００年以上前に行方不明で死んだと思われていたゼフラム・コクレインであった。彼はガス状生物をコンパニオンと呼んでおり、その生物に不死の命を与えられているのであった。ナンシーの病状が悪化したため脱出しようとするが、コクレインの孤独を癒すために阻止される。カーク達はコンパニオンと交信を計り、コンパニオンが女性でコクレインを愛していることが分かった。コクレインはその事実に驚き、拒んでしまう。コンパニオンは死にかけているナンシーと融合し、彼女は健康になった。コクレインはコンパニオンの愛を受け入れ、小惑星に残ることにした。
宿敵クリンゴンの出現	鉱物資源の採掘のために惑星カペラ４の皇帝の元へ訪れたが、クリンゴンも交渉に来ていた。皇帝が連邦と交渉しようとしたところ、クリンゴンが部族に謀反を起こさせ皇帝を暗殺してしまう。カーク達は皇帝の妻エリンを連れて脱出する。彼女は皇帝の子を身ごもっており、彼女に触るのは部族の掟で禁止されていた。マッコイはそれでも診察をし無事出産した。エリンは息子とカーク達を救おうと一人謀反人の所へ行く。エリンの言葉を疑ったクリンゴンはさらに追跡しようとしたところカークの手製の弓矢で攻撃される。そして、エンタープライズからも援軍が現れ、皇帝の子が皇太子になる。皇太子の摂政となったエリンが連邦に採掘権を与えた。
神との対決	エンタープライズの目の前に巨大な手が現れ捕まれてしまう。通信に現れた人物に招かれ惑星に転送降下する。そこはギリシャ風の神殿で彼は自分をアポロと名乗る。５千年前に地球を訪れたことがあった。アポロはこの惑星で自分をあがめて暮らせと言う。カークは人間は神に仕えるためにあるのでは無いと服従しない。アポロが神殿からエネルギーを得ていると考えたカークはエンタープライズからフェイザーを撃たせる。アポロはもはや神の居場所はないのだとさとり風になって消えるのであった。
バルカン星人の秘密	ここ数日スポックの様子がおかしく、バルカン星に生きたがっていた。マッコイの診断ではスポックをバルカン星に連れていかないと死ぬことになる。カークはスポックから真相を聞く。バルカン人はポンファーの時期に妻を娶るためにバルカンに戻らないといけなかったのだ。カークは今現在受けている命令を無視しバルカン星に向かう。スポックはカークとマッコイに儀式の立ち会いを頼む。スポックの妻になるプリングは儀式の際に結婚ではなく決闘を選び、スポックの相手にカークを選ぶ。スポックは理性を忘れカークと戦いカークを絞め殺した。理性を取り戻したスポックはカークを殺したことに責任を感じ、プリングに分かれを告げエンタープライズに戻るとカークが生きて現れる。思わず喜びの感情をあらわにしてしまうスポック。カークはマッコイに決闘前に注射を打たれて仮死状態になっていただけだった。
宇宙の巨大怪獣	コンステレーションから遭難信号を受け取ったエンタープライズは救援に向かう。がコンステレーションにはデッカー船長がいるだけだった。船が破壊されたために乗員を惑星に降下させたが攻撃を受けた巨大な怪物に惑星が破壊されたのであった。怪物はどうやら戦争のための最終兵器であった。そこに怪物が再び現れ、カークとチャーリーは取り残されてしまう。スポックはカーク達を救出し、怪物の進路の惑星に警告に向かおうとするがデッカーは階級を盾に船の指揮権を奪い、怪物に攻撃をする。しかし牽引ビームに捕まってしまう。スポックはデッカーを指揮能力不足で解任する。デッカーはシャトルを使って怪物の口に飛び込んでいく。カークはコンステレーションの物質・反物質を爆弾にし怪物の口に放り込み怪物を破壊するのであった。
惑星アルギリスの殺人鬼	惑星アルギリスでチャーリーが踊り子と一緒に店を出ていったところ、女性の悲鳴が聞こえ、カーク達が駆けつけるとチャーリーはナイフを持ってぼう然としていた。ヘンギスト市長からチャーリーは何も覚えていなかった。チャーリーの真理分析をしていた女性も殺され、アルギリスに昔から伝わる感情転移の儀式の最中にも女性が殺される。儀式の時に殺された女性が残した言葉を分析した結果、恐怖の感情を食べる生物がいることが判明する。ヘンギスト市長に乗り移っていた生物はエンタープライズのコンピュータに乗り移り、乗員をえじきにしようとするが、マッコイの精神安定剤で乗員は助かる。カークはコンピュータから生物を追いだして、ヘンギスト市長の死体に戻ったところを転送装置でばらばらに転送して倒したのだった。
超小型宇宙船ノーマッドの謎	惑星アルリアの40億人が全滅し、エンタープライズは調査をしたところ強力なエネルギーを持った物体が攻撃をしてきた。カークが交信を試みるとその物体は転送で船内に入ってきた。それは小さな宇宙船であった。宇宙船はノーマッドと名乗り、カークを生みの親ロイカークと誤ったのだった。スポックが精神接触をしたところ、ノーマッドは事故を起こし他の宇宙船と融合し、プログラムが「不完全な生物を抹殺する」に変ってしまっていたのだ。カークは自分が設計者でないことをあかし、ノーマッド自身が間違っており不完全だと告げる。ノーマッドは混乱を来たし、船外に転送され自爆した。
死のパラダイス	惑星ガンマ６を調査していたカーク達は、楽園のように見えるこの惑星が危険であることを知った。何人かの乗員が死亡した。エンタープライズも地表からの何らかの力でエネルギーが減り始めていた。跡をつけてきた原住民を捕まえたところ、彼はバールと言う神の使いで平穏な生活を乱すカーク達を殺すように命令していた。バールとは古代に作られたコンピュータで惑星上を管理しており、原住民は何も苦労せずに生活できるのであった。カークはエンタープライズを救うために原住民を監禁し、バールにエネルギー源の鉱石を供給できないようにし、バールを停止させた。バールの保護を失った原住民はこれから自分たちの力で生きていかねばならなくなった。
イオン嵐の恐怖	ハラカン星でディリチウムの採掘交渉をしていたが拒否にあい、イオン嵐が近づいてきたこともあり、エンタープライズへ転送で帰還した。しかし、イオン嵐の影響で違う宇宙のエンタープライズに転送されてしまった。そこはエンタープライズの中が暴力的で帝国が宇宙を支配しているのだった。採掘交渉を拒否された帝国はハルカンへの攻撃を命令するがカーク達はそれを回避しようとする。ウーラがこの世界の保安主任の加藤の気をそらしている間にチャーリーとマッコイが転送気に手を加え元の世界に戻る準備をした。元の世界に戻ろうとするが、不審を感じていたスポックが事実を突き止めてしまう。元のカークに戻ってきて欲しいとスポックは転送をするが、転送されるまでの間にカークはこの帝国の体制は改革されるべきだとスポックを説得する。無事、カーク達は元の世界に帰ったのであった。
死の宇宙病	惑星ガンマヒドラ４でカーク達は老化する病気にかかる。この病気は彗星が放出した放射線の影響によるものであった。マッコイが解毒薬を探しているがチェコフを除いてどんどん老化してしまう。カークが老化のため、指揮権がはく奪されてしまう。指揮権をえたストッカー准将は宇宙基地10に急ぐあまりロムランとの中立地帯に入りロムラン艦に囲まれてしまう。マッコイはアドレナリンが老化を止めることを突き止め、カーク達の処置をする。カークは自爆装置の威嚇で無事危機を脱するのであった。
不思議の宇宙のアリス	新しい乗員のノーマンがエンタープライズを乗っ取りある惑星に進路をとった。彼はアンドロイドで彼の惑星はアンドロイドの星であった。そこでカーク達はハリーマッドと出会う。彼は脱走をして、この惑星に不時着し、アンドロイドに助けられたのだった。彼はエンタープライズを乗っ取ろうとしていたが、アンドロイド達はハリーマッドの人間性を見て、人類が絶滅しないように征服して管理しようと考えていた。彼らは乗員を全員下ろし、エンタープライズを使おうとしていた。カーク達は変な行動をとるとアンドロイドが故障するのを発見し、非論理的な行動をとってアンドロイドを狂わせてしまう。エンタープライズを取り戻したカーク達はアンドロイドにハリーマッドの監視を任せ、惑星を後にした。
新種クアドロトリティケール	緊急信号を受け取ったエンタープライズは宇宙ステーションK7に進路をとった。が異常はなく、バリス次官がシャーマン惑星のための小麦を警護するために呼んだのであった。戦略的に重要な位置にある惑星なのでオルガニア条約に基づき領有をしたいのであった。そこにクリンゴン宇宙船が休息のために宇宙ステーションへ停泊してきた。カークは保安員を配備する。宇宙ステーションでは商人シラノジョーンスがトリブルという小さなかわいらしい生物を売っていた。ウーラがエンタープライズに連れて帰ると次々と子を生み始め、エンタープライズの中がトリブルで一杯になってしまう。カークは食物合成機の中から出てくるトリブルを見てステーションの穀物貯蔵庫へ急行する。穀物貯蔵庫の中はトリブルで一杯になっていた。しかし、トリブルは小麦を食べて死んでいた。穀物には毒が仕込まれていた。トリブルを連れてバリス次官、シラノジョーンズ、クリンゴン人と今回の事件について話をしていると、トリブルはクリンゴン人に近づくと鳴き立てるのが分かった。バリス次官の助手のダーウィンが入ってくるとトリブルは鳴き立てた。かれはクリンゴン人スパイで、穀物に毒を仕込んだのは彼だった。毒のおかげでかなりの小麦も残っておりクリンゴンはシャーマン惑星から手を引くこととなった。エンタープライズ内のトリブルはチャーリーの機転でクリンゴン艦に残さず転送されていたのだった。
もう一つの地球	ビーグルの残骸があった惑星に調査のためカーク、スポック、マッコイは上陸した。ここで太陽を崇拝している集団と出会う。この惑星はローマ帝国の様な形態で20世紀の科学力を持っていた。テレビの闘技番組でビーグルの乗員を見た一行は都に行くが捕えられる。ビーグルの船長は皇帝に取り入っており、乗員を闘技に出させていた。カーク達にも乗員を闘技に出すよう皇帝に言われるが拒否したため、マッコイとスポックを闘技に出させる。チャーリーが惑星の電力源を切り、ビーグルの船長の助力もあり、カーク達が逃げることができた。太陽を崇拝していた集団は、地球で言うキリスト教信者であった。
惑星オリオンの侵略	惑星バベルの連邦会議のため、エンタープライズは重要人物を運んでいた。その中にはスポックの両親のサレクとアマンダがいた。サレクはスポックが宇宙艦隊にはいったことを快く思っておらず仲たがいをしていた。航行中のエンタープライズは謎の宇宙船に追跡されていた。サレクの心臓が悪くなったため手術が必要だったが、血液を提供できるのはスポックだけだった。カークはアドリア人に襲われ負傷してしまい、スポックが指揮をとらなければいけなかった。カークは傷をおして艦長席につき、スポックに医務室に行くように命令した。その後、謎の宇宙船が攻撃をかけてきた。謎の宇宙船はオリオン人の宇宙船でなんとか撃退した。サレクの手術も成功しスポックと認めあうのであった。
カヌーソ・ノナの魔力	カークが13年前に訪問したことのある惑星にきた。しかし、クリンゴン人が住民に武器を渡し惑星を占領していた。カークは昔、世話になった指導者タイリーの元へ行こうとするが、その途中怪獣ムガートに襲われてしまう。タイリーの妻ノナに不思議な呪文でムガートの毒を抜いてもらう。カークはクリンゴンに対抗するために武器を提供する。ノナはカークのフェイザーを奪って戦おうとするが殺されてしまう。タイリーは復讐のため戦う。双方に均衡した武器を与えたことで激しい戦闘になり、カーク達は後悔しながら惑星を後にする。
宇宙指令！首輪締め	カーク、ウーラ、チェコフが惑星に転送降下したところ消えてしまう。彼らは惑星トリスケリオンに到着し、捕まり、その惑星の支配者プロバイダーに剣闘士にされてしまう。カークはペアにされたシャーナに人間らしさや自由を教える。エンタープライズのスポックはカーク達の行き先を突き止め、惑星トリスケリオンにやって来たがプロバイダにエンタープライズは捕まってしまう。カークは自分の命を賭けにしてプロバイダに解放のための試合を申し込む、プロバイダの元に運ばれたカークはそこに脳だけの存在になっているプロバイダを見る。試合に勝ち、カークは剣闘奴隷に自由を与え養育することを約束させる。
復讐！ガス怪獣	カークがファラガットに勤務していたころ船長を襲ったガス怪獣を撃てなかったことを後悔していた。その船長の息子のガロビックが配属されてきた。惑星アルガスでその時のガス怪獣が現れ、上陸班を襲った。ガロビックが撃てなかったことをカークは注意する。エンタープライズはガス怪獣を追いかけたがフェイザーも効かず、船内に侵入されてしまう。船内でスポックが襲われるが銅血液のため助かる。カークとガロビックは反物質を使って、人間の血液をえさにおびき寄せ爆破する。
単細胞生物との激突	消息を絶ったイントレピッドの調査をしていたが、スポックはイントレッピドのバルカン人達が死んだのを感じる。そこで、暗黒の宇宙空間を発見し、その中は負のエネルギーになっており、人間はだんだん弱っていく空間だった。その中には巨大なアメーバ状の怪物がいた。この生物は増殖するところで、エンタープライズはそれを阻止しようとする。スポックは詳細なデータを集めるためシャトルで生物の体内に侵入するスポックのデータを使い、エンタープライズを生物の体内に侵入させ、核に反物質を撃ち込み退治する。その最中にシャトルを発見しスポックを無事回収する。
宇宙犯罪シンジケート	カークは100年前にホライゾンが訪問した惑星にやって来た。そこはまるで20世紀のギャング社会のような世界であった。ホライゾンが置いていったギャングの本の影響を受けたようだった。カーク達はオクミックスというギャングの親分と会うが、彼はカーク達に武器を渡すようにいい監禁する。カーク達は逃げ出したが、他のギャングのクラコに捕まってしまう。一度はエンタープライズに戻ったスポックとマッコイだったがカークが捕まったと聞き戻ってきてまた捕まる。カークは逃げ出しオクミックスの所へ行き、オクミックスの所に惑星上の全てのギャングの親分を転送で集める。彼はエンタープライズの力をみせ、惑星で統一した組織を作り管理することを命じる。
宇宙300年の旅	遭難信号を受信したエンタープライズが惑星に来てみるとそこにはアンドロメダ星雲からやって来たケルバ人侵略者がいた。彼らはこの銀河系を調査し、その結果を持ち帰るため宇宙船をおびき寄せたのだった。エンタープライズのエンジンは改良され不要な乗員は結晶にされてしまった。カーク達はケルバ人が本当は違う形の生物でエンタープライズに乗るため人間の形態をとっていることから、人間的反応を起こさせてかく乱しようとする。ケルバ人の指導者ロージャンはケリンダを誘惑したカークに嫉妬し人間らしい所を見せる。このまま、祖国に帰っても何世代か後に到着し、その頃の乗員は人間と変わりなくなると諭され、この銀河に平和的に移住することになる。
地底160キロのエネルギー	遭難信号を受信したエンタープライズが惑星に来てみると地底160キロの所から発せられていた。50万年前に戦争で生き残り球体の中にエネルギー体でいたサーゴン、タラッサ、へノックであった。彼らは自分が入るべきアンドロイドを作るあいだ体を貸して欲しいとたのみ、カーク、アン、スポックの体を提供した。スポックの体に入ったへノックは体を返したくなく、カークに乗り移ったサーゴンを殺すためカークに転移中の新陳代謝を抑制する薬を細工し、スポックの入った球体を破壊する。へノックはタラッサを誘惑し、体を返さないようにマッコイに迫る。サーゴンはエンタープライズに乗り移っており、毒を撃たれたと思い込んだへノックをどこにも移転できないようにし消滅する。スポックはチャペル看護婦の中にいたため元に戻る。サーゴンとタラッサは自分たちが禍になるとし、体をもたず旅立ってしまう。
エコスナチスの恐怖	惑星エコスにつくとエンタープライズは核ミサイルに迎撃される。記録では平和な社会でまだこのような技術を持っていないはずであった。カークとスポックは、この惑星の観察者としてきたジョンギルを探すため惑星に降下するが、かれが、ナチスに似た政治国家の総統になっていたのを発見する。カークとスポックは捕まってしまうが逃げ出し、地下運動をしていたゼオン星の人と出会う。ゼオン人はユダヤ人のように虐待されていたのだった。カークとスポックはナチスに反対する軍人と一緒に演説会に潜入し、ジョンギルと会う。彼は薬を打たれて操られていた。彼は当初、ナチスの政治のよいところだけを使おうとしたが、副総統のメラコンに裏切られたのだ。彼を正気に戻しゼオンを攻めるのは間違っていると演説させる。メラコンはジョンギルを殺すがメラコンも倒される。ゼオンへの侵攻は阻止されたのだった。
恐怖のコンピュータM5	航宙艦のコンピュータを設計した天才デイストローム博士がエンタープライズに乗船してきた。彼が新しく開発したコンピュータのM5をエンタープライズに搭載し実験を行った。最初のテストは成功するが、民間の無人船を敵と判断して破壊してしまう。M5を止めようとするが乗員が殺され、M5はシールドを張ってしまう。止めることもできないまま次の模擬戦闘でエクスカリバーを大破させる。デイストロームは精神的におかしくなっており、その精神パターンを埋め込んだM5も病的になっていると判断した。カークはコンピュータに倫理観を植え付け、何人もの人を死に至らしめたことを後悔したコンピュータはその作動を自ら止めた。
細菌戦争の果てに	惑星オメガ４の軌道に乗っていたエクセターを発見した。中の乗員は水が抜けた白い粉状になって死んでいた。未知のウィルスに感染したためで調査班のカーク、スポック、マッコイはエンタープライズに戻れず惑星に降りる。そこではエクスターの船長トレイシーがいた。彼はこの惑星の空気中に不死になる物質があると信じていた。その惑星のコム人は何千年も生きていたからだ。しかし、それは細菌戦争のために自然に寿命が延びたもので、ウィルスを死滅させた大気中とは関係が無かった。トレイシーはコム人の敵のヤン人にフェイザーを使っていた。がヤン人の攻撃の前にコム人は占領された。カーク達は彼らがアメリカ系のヤン人とアジア系のコム人として進化し、細菌戦争で荒廃したのだと気がつく。トレイシーはスポックが耳をとがっているのを示し彼らは悪魔だと主張した。ヤン人は力のあるものこそ正しいと信じカークとトレイシーを決闘させる。カークは勝ち、ヤン人の崇拝の言葉が「人民の人民による人民のため」という言葉であることに気がつく。彼らはヤン人から信頼を受け、トレイシーを逮捕して惑星を後にした。
宇宙からの使者ミスターセブン	1968年の地球の国際的な緊張をどのように切り抜けたかを観測するためにエンタープライズはタイムスリップした。そこへ強力な転送光線を受信し、セブンなる謎の人物が現れる。かれは一度拘禁されるがエンタープライズを脱出し地球に降りる。カーク達はセブンの後を追い、彼のオフィスを突き止めるがひと足遅く逃げられてしまう。セブンがアメリカが打ち上げる水爆衛星に細工をしているのを見つけ、転送する。衛星は打ち上げられ制御に失敗し地球に落下し始めていた。カークはセブンが危機的状況を回避するためにきたということを信じ彼に作業をさせる。無事安全な高度で衛星が爆発し、戦争になるのが食い止められた。