エピソード名	内容
遥かなる地球へ（前編）	カーダシア戦艦に追われていたマキの船はバッドランドへ逃げ込んだがそこで謎の探査を受け衝撃波を受けてしまう。昔、マキに参加したことのあるトム・パリスをジェインウェイ艦長が連邦の収容所から借り受け、DS9に停泊していたVoygerでマキの船の捜索に向かう。バットランドで調査を行っているとマキの船と同じように衝撃波を受けてしまう。Voygerのクルーが気がつくと目の前に異星人の宇宙ステーションがあり、船は各部を破損、そして７万光年離れたデルタ宇宙域だった。医療部員が全員死亡したため、ホロドクターを起動し治療にあたらせ、船の各セクションを修理始めた。ホロドクターを除いて全員宇宙ステーションに転送されてしまう。宇宙ステーションではホログラムで歓待されるが、キムとパリスが納屋の奥を調査するとその奥にホロ映像で隠された異星人の施設がありマキのメンバーが寝かされていた。Voygerのクルーは気絶させられてしまい、気がつくと艦内にいた。キム少尉だけが戻っていなかった。マキの船でも一人戻っていなかったため共同で捜索のあたる。マキの船からチャコティとトォヴォックが乗船してきた。トォヴォックは連邦のスパイだった。チャコティとジェインウェイは再び異星人のところに行き、クルーの返還と船をアルファ宇宙域に返すように要求する。しかし異星人は時間がないと拒否し、船に送り返してしまう。キムとベラナはオカンパ人の地下都市にいた。ジェインウェイ達はステーション内に二人がいないことから異星人が断続的にエネルギーを打ち込んでいる惑星に調査に向かう。
遥かなる地球へ（後編）	惑星へ向かう途中、船の墓場があり、そこにいたニーリクスに水と引き換えにガイドを頼む。ニーリクスは誘拐された二人はおそらくその惑星のオカンパ人の所にいるだろうと言う。目的の惑星は異常気候のため砂漠化した惑星であった。オカンパ人の情報を集めるため地表のケイゾン人の村に行く。オカンパ人は地下にいて、そこはバリアで守られているという情報を得る。ニーリクスはケイゾン人の村に捕らわれていた恋人のオカンパ人ケスを助け出す。ケスが地下から抜け出してきたバリアの穴を通って地下に転送する。オカンパ人は管理者からエネルギーをもらって生きていたが最近エネルギー量が増えていた。キムとベラナを見つけ、戻ろうとしたとき宇宙ステーションからのエネルギー供給が止まり、替りにエネルギーの受け口を破壊し始めた。爆発に巻き込まれチャコティは逃げ遅れるがパリスに助けられる。乗員を取り戻したVoygerとマキはアルファ宇宙域に戻るため宇宙ステーションに戻る。宇宙ステーションにケイゾン人戦艦が攻撃してきた。Voygerとマキは共同で宇宙ステーションを守るが押され気味である。チャコティはマキのクルーをVoygerに転送し敵船に体当たりし撃沈する。異星人は自分のせいで惑星の大気を狂わせた償いにオカンパ人を援助してきたのだが自分の死期が近づいたのを感じケイゾン人にオカンパ人を征服させられないようにエネルギーを蓄積させ、エネルギーパイプを破壊したのだった。異星人はケイゾン人に占拠されないように自爆させようとしたがケイゾン船の攻撃のためシステムが停止し、異星人は力尽きてしまった。ジェインウェイは異星人の最後の意志をくみ取り宇宙基地を攻撃破壊した。アルファ宇宙域まで帰るためにマキのメンバーと力を合わせて帰るための道を探し始めるのだった
ブラックホールからの脱出	ワープ航行中に重力異常で衝撃を受けた。停止し調査を行うとブラックホールがあり、その事象の地平線上に宇宙船が捕まっていて救助を求めていた。重力干渉のせいで通信もうまく行かなかったが亜空間トラクタービームで救助を試みるがVoygerが引き込まれそうになる。しかたなく近くの惑星に援助を求めにワープを開始する。先程の衝撃で負傷者もでておりホロドクターが治療をしていると、ケスがドクターの背が縮んでいるのを発見する。ワープをしばらく続けるとまたブラックホールを発見するがそれは先程のブラックホールで同じ場所に戻っていた。センサーで位置を確認しながらブラックホールから離れてもまた同じ位置へ向かってしまう。ベラナはドクターの背が縮んでいく現象からブラックホールの影響を受けないようにセンサーを直し、事象の地平線上の船からの救難信号を受けてみると先程のVoygerからの送信で補正された映像を見るとそこにはVoygerがいた。Voygerはすでにブラックホールに捕まっており自分の影を見ているのだった。脱出するために入ってきた亜空間の穴を探し、縮み始めているのを発見する。ジェインウェイとベラナでシャトルで近づき穴を広げる。Voygerにシャトルを戻そうとするとVoygerが2台あり片方は影であった。無事Voygerに戻ると穴はまた閉じかかっていたが強引に脱出した。
24時間の過去	航行中に衝撃波を受けたVoygerはその元である惑星に向かった。上陸して調査を行うとイオンエネルギーが爆発し惑星全体が壊滅したものだとわかった。亜空間時間連続体の破片が爆発の影響で漂っていたため、ジェインウェイとパリスは爆発１日前へタイムスリップしてしまう。惑星の運命に干渉してはいけないのだが爆発の前に自分達の時間に戻るためにイオンエネルギーの発電所へ向かう。そこでイオンエネルギー反対派のデモに巻き込まれてしまう。反対派の過激分子に政府のスパイと疑われ、彼らの発電所を襲う計画が早まってしまう。ベラナ達は亜空間の亀裂を広げる装置を作り艦長達を助けようとする。コミュニケータを盗聴器と思われ、奪われてしまったため、亀裂を通しての通信もコンタクトできなかった。ベラナ達は艦長が爆発の起こった地点へ向かったと見てそこへ向かう。ジェインウェイは自分たちが計画を早めてしまったために事故が起きたのだと感じ、発電所で阻止しようとする。ケスは何時間も前にこの発電所に艦長達がいたことを感じる。ベラナ達は艦長を救うため亜空間に亀裂をいれようとするが、ジェインウェイはこの亜空間の亀裂が爆発を起こした原因だと悟りフェイザーで食い止める。すると時間軸が修正されジェインウェイ達は爆発前のVoygerに戻っていた。ただ一人ケスを除いて爆発事故のことを覚えているものはなかった。
盗まれた臓器	ディリチウムを補充するため、ディリチウム反応のある小惑星へとニーリクスが案内した。チャコティとキム、ニーリクスが地下の空洞に転送して調べるとディリチウムの反応はあるものの鉱石はなかった。ニーリクスは異星人に襲われてしまう。チャコティ達が駆けつけ医療室に転送すると、ニーリクスの肺が無くなっていた。肺を取り戻すためジェインウェイとトォヴォックが空洞を調査すると奥に異星人がいた。彼らは宇宙船で逃走してしまう。艦長達を転送してすぐに追いかけ始める。ニーリクスが危ない状態なため、ドクターはホログラムを使って肺をエミュレートさせる。奇跡的に助かったがこのままではニーリクスは身動き一つできない状態だった。ある人工の小惑星まで宇宙船を追いつめた。クレーターの中に入っていった宇宙船を追跡して入るとそこは鏡の迷路のようにVoygerと宇宙船が何隻も見えていた。低出力のフェイザーをサーチライト代わりにして宇宙船の位置を突き止めると乗員を転送した。彼らヴィディア人は生まれながらファージという病に侵されており臓器を移植しなければ生きていけなかったのだ。すでにニーリクスの肺は移植されてしまっていたため、彼らがケスの肺の片方をニーリクスに移植した。
星雲生命体を救え	オミクロン粒子が充満している星雲を発見したVoygerはエネルギー補給のためオミクロン粒子を採取に星雲へ突入した。オミクロン粒子のあるところはバリアーに守られていたためバリアーを破壊し中に進入する。するとある物質がVoygerに張り付いてダメージを与え始められたので脱出しようとする。先程のバリアーの穴は修復されており今度は通ることもできない。仕方なく残弾少ない光子魚雷で穴を開け脱出する。ベラナが付着した物質を調べるとそれは生命体の一部だった。あの星雲自身が一つの生命体だったのだ。光子魚雷を使ったために生命体は重症をおっていた。彼らは傷を治すため再度星雲に進入する。しかし、抗体に阻まれ傷口に到達できない。オミクロン粒子が流れている循環器系の流れに乗ることで傷口近くまで行くことのできたVoygerは船体をつかって傷口を縫合し直すことに成功した。がVoygerのエネルギーは20%近くダウンしてしまった。
ワームホールの崩壊	バーテロンの反応を検知したVoygerはワームホールの存在を調査した。そこには直径30cm程のワームホールが存在していた。このワームホールがどこに通じているか調べるために探査機を飛ばす。ワームホールの途中で探査機が止まってしまったが、探査機をリレーしてワームホールの向こう側と通信を試みる。するとロミュランの貨物船とコンタクトできた。彼らは連邦にVoygerの現状を伝えるように頼む。ロミュラン船の船長は最初懐疑的だったが、Voygerがデルタ宇宙域にいることを確認するとロミュラン評議会に今回の件をはかってくれた。ベラナは通信の波長と転送の波長が近いことを利用して転送できる可能性があることジェインウェイに進言する。すぐさま実験にとりかかる。転送実験は成功したがロミュラン船には連邦の人間を乗せることができないと拒否される。そこで人間の転送の実験のためロミュラン船船長をVoygerに転送する。途中フェイズのずれが発生したが無事転送される。トォヴォックがフェイズのずれが時間によるものでこのワームホールは約20年前のアルファ宇宙域に通じていた。自分たちが戻ることで過去を変えてしまうため戻ることを断念しロミュランの船長に20年後に記録されたメッセージを連邦に届けてもらうようにお願いする。船長は戻っていったがトォヴォックが調べたところだと彼は4年前に死んでいたのだった。無事メッセージが届くことを願ってVoygerは発進するのだった。
殺された者の記憶	パリスとキムはニューミリと戦争中の惑星ベイニアを訪れていたが、シャトルで戻ってきたのはキムだけだった。パリスは殺人の罪で投獄されたというのだ。ジェインウェイはVoygerでベイニアに向かう。そこにニューミリの戦闘艇が接近してきて警告を発する。ニーリクスは攻撃を仕掛けてこないことを不審に感じる。ジェインウェイは惑星に上陸しパリスと面会した。彼の罪は奥さんとパリスが不倫している現場をみて逆上した博士をパリスが殺してしまったというのだ。彼は無実を主張するが、彼にはすでに刑が執行されていた。それは14時間毎に被害者の死んだ瞬間を見せられるように記憶を植え付けられるというものだった。しかし異星人のテクノロジーのために拒否反応を起こしてしまう。治療のためにVoygerに収容する許可をもらい収容する。そこにニューミリの宇宙船がやって来て攻撃を仕掛けてきた。チャコティの戦略で2船の宇宙船を撃退した。パリスは神経にダメージを受けておりこのままだと死んでしまう。トォヴォックは調査のため惑星に降り被害者の妻と面会する。パリスが意識を取り戻すと自白剤を使って尋問し、精神融合でその植え付けられた記憶を参照してある結論に達した。パリスを惑星に戻すためにキムと二人でシャトルで惑星に行かせようとするがニューミリ人がシャトルをだ捕しようとする。二人を転送しシャトルには爆発物が積んであるので引き渡すように要求するとニューミリ人は引き下がった。トォヴォックは関係者を事件現場に集める。そこで彼は記憶の中のパリスの背丈が低いことと記憶の中の記号から記憶移植した医者がニューミリのスパイで犯人だという。博士の機密情報をパリスの記憶に植えつけニューミリに持ち出そうとしていたのだった。彼は否定するがトォヴォックが奥さんの飼い犬に引きあわせ、飼い主にしかなつかない犬が医者によくなついているのをみせた。パリスは無事無罪放免となった。
来世への旅	247番目の元素を発見したVoygerは自然の状態を観察するためにチャコティ達上陸班を惑星上の洞窟に転送する。そこには多数の死体があり、他種族の墓地のようであった。亜空間の穴からここに死体が運ばれてきていた。キムは亜空間の穴に引き込まれ未知の惑星上に移動してしまった。その惑星では安楽死することで来世への転生を信じているのだった。キムは元の世界に戻るために安楽死施設に入り、死ぬ。Voygerではワープエンジンの影響で亜空間の穴が艦内に発生し死体が運ばれてくる。キムが運ばれてきたので蘇生した。
転送・４万年光年	もてなしの精神でしられるシカリス星の行政官ガスに招かれシカリス星で休暇を取ることにした。そこでキムは４万光年まで転送可能なトラジェクターの存在を知る。技術協力を求めるが法律で禁止されていた。ジェインウェイ艦長は物語を欲しているシカリス人へ連邦の名作ライブラリの提供と引き換えにトラジェクターの使用を願い出る。キムに裏取り引きを申し出てきたシカリス人が現れた。艦長は法律に反することを行えないと拒否する。しかし行政官に協力の意志はなかった。星を離れることにしたがトゥボックは裏取り引きでトラジェクターのマトリックスを手に入れる。トレスはこの仕組みが惑星のマントルを利用していること発見し惑星から離脱する前に無許可で起動するが、アンチニュートリノが発生しワープコアが破損しかかったため停止する。連邦の技術とあいいれないものだった。
裏切り者	とある惑星で食料補給のため上陸していたがケイゾン船が接近してきた。惑星上でチャコティはケイゾンに撃たれてしまうが、無事惑星から離れる。しばらくするとケイゾン船から救難信号を受ける。生存者はただ一人であった。調査すると連邦のレプリケーター技術が事故の原因だった。Voyger艦内に連邦の技術を横流しした裏切り者がいるのだ。別のケイゾン船が接近してきて生存者の引き渡しを要求する。面会を許可するが生存者を殺害してしまう。艦内で容疑者を絞ったチャコティとトゥボックは罠をはる。セスカが犯人だと判明するが、セスカはケイゾン船に逃げ出してしまった。
英雄伝説	光子エネルギーの調査をしていたVoygerだがその最中にホロデッキにいたキムが消えてしまう。ホロデッキでベアウルフが実行中だった。調査に赴いたチャコティとトゥボックはキムがグレンデルという怪物に殺されたとホロキャラクターから聞く。グレンデルを調べるために待ち構えているとエネルギー化され肉体が消滅してしまった。調査のため肉体のないホロドクターにホロデッキにいってもらった。グレンデルは光子エネルギー生命体だった。調査のためサンプルしていた光子をもち、ホロドクターがグレンデルに謝罪する。するとキムらが元の姿に戻された。
幽体離脱	チャコティとトゥボックは暗黒星雲の調査中に襲撃されVoygerに戻ってきた。チャコティは意識不明で脳死状態であった。トゥボックの案内で暗黒星雲に向かう。しかし、その途中不可解なことが起こる。パリスが無意識に船の方向を暗黒星雲に接近しないように変え、ケスが何かの存在を感じ襲撃される。ホロドクターがパリスとトレスの脳波を調べると他人の脳波が測定された。エイリアンが体を乗っ取っていたらしい。誰にでも乗り移れるようなので皆疑心暗鬼となる。ホロドクターにだけは乗り移れないはずなので全コマンドコードを彼に預ける。しかしホロドクタープログラムが停止させられロックをかけられてしまった。暗黒星雲に接近したところで、トレスはワープコアを排出する。ワープコアを排出した承認コードはチャコティ副長のものだった。そこで艦長らはトゥボックが怪しいことに気がつく、副長は他の人の体を使って暗黒星雲に接近しないようにしていたのだった。トゥボックからエイリアンを追い出したが暗黒星雲内で未知のエネルギー体から攻撃を受ける。脱出方法がわからなかったがチャコティの呪いの石の位置から脱出ルートを見つける。無事脱出後、ホロドクターは画期的な手法でチャコティの霊魂を肉体に戻すのだった。
二人のトレス	エイヴァリー3で調査中のパリス、トレス、ダーストはヴィディア人に捕まってしまう。そこでトレスはDNAが分離され純粋なクリンゴン人と地球人に分けられてしまった。ヴィディア人はフェイジの抗体として強じんなクリンゴン人のDNAをためそうとしたのだった。クリンゴン人のトレスにフェイジを感染させる。三人の行方不明を調査するためにチャコティ達が上陸したがヴィディア人がいることを見つける。チャコティはヴィディア人に化け転送で潜入する。地球人のトレスは逃げるためにコンピュータにアクセスするがヴィディア人にみつかる。そこへクリンゴン人のトレスが助けに現れる。彼女らは互いに反目しながら自分を必要と感じる。クリンゴンのトレスが逃げ出してきた研究所に戻り、シールドを解除する。そこへヴィディア人が現れ、クリンゴンのトレスを殺してしまう。パリスとトレスとチャコティは転送で脱出する。トレスにはまたクリンゴンのトレスからDNAを移植するのだった。
殺人兵器メトリオン	ハーコニア船からニーリクスに連絡が入る。ハーコニアのジェトレル博士だった。ジェトレルはタラクシアのコロニーを壊滅させたメトリオン爆弾の開発者だった。彼はニーリクスがメトリオン放射線病に冒されているか調べに来たのだ。家族をメトリオン爆弾で失ったニーリクスはジェトレルを憎んでいた。が、本当は自分が徴兵から逃げていたので自分の臆病を責めていたのだった。ハーコニアのコロニーからメトリオンの粒子を採取し、抗体として使用することを考えた。しかし、ジェトレルは転送機を用いることでメトリオン爆弾で原子結合が崩壊した人々を元の状態に戻せると考えて、ニーリクスを口実にVoygerをハーコニアまでつれてきたのだった。ジェインウェイ達は協力するが、失敗した。ジェトレルもまたメトリオン放射線病にかかっていてあと数日の命だった。
バイオ神経回路	元マキの乗員が規律を乱すため、トゥボックが訓練を行うことにした。彼らは反抗的であったがチャコティの助けもありカリキュラムを進めたいった。その頃、ニーリクスのチーズから発生したウィルスで艦内のバイオジェルパックが病気にかかり艦内システムがダウンしていった。ホロドクターは熱で殺菌できることを発見しワープからの放射で艦内の殺菌を行った。トゥボック達は倉庫に閉じ込められてしまい、ガスが充満し始めた。トゥボックは皆を脱出させ、逃げ遅れた一人を助けたが途中で倒れてしまう。そこへ先に脱出した訓練生が扉を外から開け、二人を助けた。マキとトゥボックはすこしわかりあえたのだった。
ホログラム	ホロドクターは緊急事態の艦内で起動した。ケイゾン船の攻撃で船がだいぶ破損したらしい。艦内に残っているのはジェインウェイ艦長とトレス、ニーリクスだけであった。彼らをスキャンしても肉体があることを感知できない。しかしホロドクター自身に生命反応があった。ジェインウェイがホログラムの停止を行うとホロドクターを除いて皆消えてしまう。バークレイ中尉のホログラムが現れ、ホロドクターは実は開発者で、ホロデッキの故障のため自分をホログラムだと信じ込んでいるというのだった。ホログラムから出るためにはVoygerを完全に破壊するしかないと忠告する。半信半疑ではあったがバークレイがVoygerの過去をホロ再生したりで証拠を見せる。ホロドクターはワープコアを破壊しようとするとチャコティのホログラムが現れ、ホロデッキとホロドクターのプログラムがループを作ったために今修復中だという。Voygerを破壊するとホロドクター自身に影響があるというのだ。そして、ホログラムが停止したが、そこではケスが彼の妻であった。まだ異常な状態であったが、やっと元の状態に戻った。彼は医務室の外へ手を伸ばし、消えてしまうのを見て安心するのだった。
繁殖期エロジウム	宇宙空間で高速に移動している生物の群れを発見したVoygerは観測をしていたが、その生物の影響でシステムが異常になり群れの中に突入してしまった。艦内ではケスが発情期を迎えていた。しかし、オカンパ人のケスはまだ2才で、４才までは発情期にならないはずだった。外の生物の影響でエロジウムに入ってしまったのだった。オカンパ人は一生に一回しか子供を作れないため、ニーリクスは子を持つことを決意する。やがて外の生物に大きな個体が現れる。小さい生物はVoygerに性的魅力を感じ、大きな個体はVoygerをライバルと見なし攻撃してくる。Voygerは服従の姿勢を見せるように小さい個体と同じ動作をする。無事群れから脱出できたVoyger内ではケスのエロジウムが終了していた。普通のエロジウムではなかったため、ホロドクターはもう一度正常なエロジウムがあると保証する。
空間変動波	Voygerは宇宙空間のゆがみを観測するが、いつの間にかゆがみに取り囲まれていた。ホロデッキでケスの誕生パーティをしていたブリッジクルーはそれぞれ持ち場に戻ろうとするが皆たどり着けない。艦内までゆがみ始めていたのだった。皆でブリッジにたどり着こうとするがジェインウェイ艦長はゆがみの影響で倒れてしまった。ゆがみから脱出しようとするがうまくいかずあとはホロデッキを残すのみとなった。チャコティらは死を覚悟するがゆがみはそのまま、Voygerを通過してしまった。艦のコンピュータに２０００万ギガクアッドの情報が入力されていた。あのゆがみは知的な存在で接触を図っていたのだった。
ミッシング１９３７	宇宙空間で地球の古い自動車を発見する。そのラジオを付けてみるとSOS信号が流れてきた。信号の元の惑星に向かうが大気の影響で転送できない。Voygerは直接艦を地表に着陸させる。そこには地球の飛行機があった。洞窟には冷凍睡眠された地球人がいた。蘇生すると彼らは1937年ころの地球人であった。その惑星は昔、地球から異星人によってさらわれた人達を使って開拓した惑星であった。その子孫達は異星人を追いだし、独自の文化を発展させていた。ジェインウェイ達は第二の地球とも言えるこの惑星へ残るかを乗組員の選択に任せた。しかし誰一人残るものはいなかった。Voygerはまた地球への旅を続けるのだった。