エピソード名	内容
ケイゾン総攻撃（後編）	原始的な惑星に置き去りにされたVoyagerのクルー達は生き延びるためのサバイバルを始める。クルーの一人が未知の怪物に襲われ死亡してしまう。その夜、原住民にニーリクスとケスがさらわれてしまう。一人、救援を呼ぶためにシャトルでVoyagerを離れたパリスは追撃を振り切り、タラクシアと接触する。ドクターはスーダーが残っていることを知り、通信を行い、破壊工作を行う。チャコティ達はニーリクスとケスを原住民から助け、怪物のいる洞窟へ逃げ込む。原住民はいぶし出そうとするが、ジェインウェイ達が原住民をおびき出し、怪物を倒し彼らを助けた。スーダーが破壊工作の途中、ケイゾン人を一人殺してしまい苦しむ。ジェインウェイ達は噴火により、移動を開始する。途中、原住民の一人が溶岩の中に取り残されているのをチャコティが助ける。原住民と友好的に暮らせるようになった。パリスはドクターへフェイザーのバックアップ回路を攻撃時に破壊するようにと通信を行う。セスカはドクターを尋問しホロエミッターを破壊する。そこにパリスとタラクシア人の攻撃が開始される。医療室に戻ってきたスーダーはドクターの残したメッセージを見て、機関室へ。ケイゾンとの銃撃戦のうえ、最後の力を振り絞り、バックアップ回路を停止させる。パリスがフェイザー回路を破壊すると、艦内へプラズマが発生しケイゾン人達は行動不能になった。パリスはVoyagerを取り戻し、ジェインウェイ達を迎えに行った。
伝説のミスターカトー	あるガス星雲を調査中、トゥボックは気分が悪くなった。医療室へ行く途中、彼が崖に落ちかかっている少女を支えていて、やがて力尽き少女を離してしまうという記憶が蘇る。医療室では異常が発見できなかったため、勤務に戻るが発作を起こし倒れてしまう。ドクターはトゥボックがトロカン分裂というヴァルカン人特有の精神病にかかっていると診断する。これは抑圧した記憶がシナプス経路を物理的に阻害するものだった。ヴァルカンでは親しい人間との精神融合で抑圧された記憶を取り戻すことで治療する。艦内で一番親しいジェインウェイと精神融合を行う。精神融合でさかのぼった記憶はトゥボックが初めて勤務したスールー艦長（ミスター・カトー）のエクセルシオだった。クリンゴンの衛星プラクシスの爆発からカークとマッコイの宰相暗殺裁判の頃の話である。これが少女の記憶とどのように関係があるのかジェインウェイとトゥボックはわからなかった。精神融合でダメージを受けたため一時中断する。再度、精神融合を行うとまたエクセルシオの艦内だった。クリンゴン艦との戦闘中、トゥボックの病気が進行したために見えないはずのジェインウェイがスールー艦長に見つかってしまう。エクセルシオ艦内での同僚の死に鍵があると感じたジェインウェイは再度その場面のリプレイを行う。脳波をモニターしていたドクターはトゥボックの脳波に別の人間の記憶痕跡を発見する。するとその記憶痕跡はジェインウェイの脳波に移動した。ドクターはトロン放射を繰り返し、その記憶痕跡を消去する。ジェインウェイは自分が少女を支えており、力尽き少女が落ちていく記憶を思い出す。精神融合から戻ったトゥボックとジェインウェイに、その記憶はウィルスが記憶痕跡を模して潜伏していたもので、その記憶はトラウマ的なものになるということを説明した。
地獄星からの脱出	爆弾テロの疑いを受け、刑務所に放り込まれたパリスとキム。そこは岩盤の中で食料が不足し、暴力のまん延しているところだった。頭に埋め込まれたインプラントのため、つねにいらいらとしてしまう。刑務所から脱出のため、唯一の入り口のフォースフィールドの解除を試みる。他の受刑者に襲われ、パリスが重症を負ってしまう。ジェインウェイ達はパリスとキムの解放を頼むが、惑星の政府は、Voyagerがテロ組織の後ろ盾だと断定し攻撃してくる。やむなく退却し、爆弾の成分から製造した船を探索する。キムは受刑者の一人と協力し、フォースフィールドを解除し入り口を上り始めるが、その終点は宇宙空間だった。真犯人を捕まえたジェインウェイ達が再交渉をするが、一度確定した刑は冤罪でも執行されるという。そこでその犯人が刑務所を知っているので、奪回作戦を行い無事救出した。
ドクターのオーバーロード	ホロデッキで歌の練習をしていたドクターは医療室に呼びだされる。しかし、医療に関する知識がスムーズに出てこない。ドクターが緊急用の医療プログラムのため、２年もの長期にわたって稼働することが考えておらず、メモリーバッファが崩壊していたのだった。医療プログラム診断プログラムをホロデッキで再生すると、ジマーマンのホログラムが起動した。彼の診断によると崩壊が進み、完全にリセットする以外直せないという。しかし、完全にリセットすると起動してからの２年間に記憶が全て失われてしまうのだった。謎のエイリアンの領域に接近し、警告のメッセージを受け取った。そのデータによる領域は広大で迂回すると余計に１５ヶ月もかかってしまう。そこで警戒網にひっかからないように領域を通過することにする。途中、攻撃を受けたと思われる宇宙船を発見し、生存者を回収する。ドクターが完全に治療作業ができなくなったため、ケスが治療するが、かいなく死亡してしまう。エイリアンに発見されたVoyagerは攻撃を受ける。ケスはドクターにジマーマンホログラムのエミッター配列を転写することで機能を保とうと提案する。ジマーマンホログラムはプログラムを修正し実行する。Voyagerは敵艦のネットワークを使用することで撃退する。ケスは医療室で修正プログラムの終了を待っていた。無事ドクターは起動したが記憶は失われていた。しかし、作業をしながら鼻歌を歌い始めたのだった。
救世主フェレンギ	ワームホールの痕跡を発見したVoyager。近くの星系にアルファ宇宙域との接触の痕跡を見つけた。しかしその惑星の文化レベルは青銅器時代だった。チャコティ達が上陸してみると、神殿からフェレンギ人がでてきてた。彼らの教義は「金」だった。調査によると過去にエンタープライズＤで競売にかかったワームホールの反対側で、その際に行方不明になったフェレンギ人だった。Voyagerに転送回収するが、内政不干渉のことを持ち出され、元の神殿に戻された。ワームホールが常に移動しているため現れてから移動しても間に合わない可能性が有る。そこでワームホールを引き寄せることを考える。ニーリクスをグランド・ネーガスの使者に化けさせ、連れ帰ろうとするが失敗する。彼らが神になった経緯を調べていると彼らが最後に「火の翼に乗って空に帰る」という言い伝えがあるのを知った。そこでその言い伝えの通り事を運び、フェレンギ人を回収した。しかし、フェレンギ人が彼らのシャトルで逃亡、トラクタービームで止めようとするが重力子パルスで妨害する。その時の重力子の影響でフェレンギ船はワームホールに引き込まれ、ワームホールは重力子の影響で移動速度を上げたうえ、反対側の口も移動し始めてしまった。ワームホールをあきらめ、帰還への旅を続けるのだった。
偽善者の楽園	フィーマ星のコロニーにいたエナラ人を彼らの故郷へ届ける。トレスは大変情熱的な夢をみる。その相手はエナラ人であった。その夢は見るたびに話が進んでいくものだった。Voyagerで彼らの歓迎会をした時に、ジェインウェイ艦長は彼らの楽器を学ぼうとしたところ、彼らはテレパシーでその技術を伝えてきた。トレスの見る夢は自然回帰主義者の男性との愛の記録であった。彼らは技術を拒んでいるため、社会から阻害されているようだった。次第にトレスの脳がダメージを受けてきたため、ジェインウェイはエナラ人に原因を問いただす。テレパシーの影響とは思えるがおそらく複数の記憶が混ざっているものだろうと推測された。これ以上のダメージを避けるため、テレパシーを抑制する装置を取り付けるトレス。しかし物語の続きを知りたいトレスは危険を承知で抑制装置をとり睡眠する。そこで彼女はエナラ星で行われた過去の過ちをしる。エナラ人の一人が過去の過ちを誰かに伝えたくてトレスにテレパシーを送っていたのだった。彼女は死亡したが、トレスはその記憶を若いエナラ人に受け継いだのだった。
聖霊の怒り	ネカーニ星の神殿を見学していたケスはエネルギーフィールドに触れ、昏睡してしまう。エネルギーフィールドの調査を願い出るが宗教上の理由で許されない。色々と調査の上、過去に同じようにエネルギーフィールドに触れた王子がいたが父親が儀式を受けて助かったという言い伝えがあることを知った。ジェインウェイはその儀式を受けるようにする。儀式には様々な挑戦・障害が待ち受けていた。最後に何かの毒を受けたジェインウェイは幻覚の中で聖霊に出会う。ジェインウェイが受けた毒に回復の糸口があると思ったドクターはそれを元にケスを回復させようとするが失敗する。再度、ジェインウェイが神殿に行く。ジェインウェイが今まで受けていた儀式はジェインウェイが望んでいたものであって、ケスの回復には無意味であった。案内人は聖霊を信じケスと一緒に聖霊を信じもう一度エネルギーフィールドに触れることで直ると語る。チャコティ達は反対するがジェインウェイは聖霊を信じエネルギーフィールドに触れ、ケスは回復する。ドクターは回復したケスを診断し、科学的な説明をするがジェインウェイは納得できないようだった。
２９世紀からの警告（前編）	Voyagerの航路上に時空の亀裂が発生し小型船が現れた。その船は連邦の船で乗っていたのは２９世紀から来たブラクストン艦長だった。彼はVoyagerが時空を破壊したため29世紀の世界で太陽系が滅亡したといい、その原因であるVoyagerを破壊しに来たのだった。Voyagerが抵抗をすると時空の亀裂に２船とも引き込まれてしまう。Voyagerは地球に戻っていたがそこは20世紀の地球だった。29世紀に戻るためにブラクストンを探してカルフォルニアに上陸する。浮浪者同然のブラクストンを見つける。彼は30年前に地球に不時着していた。彼は船をクロノワークス社の社長スターリングに奪われていたのだった。29世紀で起きた事故はスターリングがパラメータの設定を不完全にしたタイムトラベルをするため起きたものだと彼は説明する。Voyagerは地上から探査され、異星人用のメッセージが送られてきた。ジェインウェイとチャコティはスターリングの所へ、パリスとトゥボックはその探査された所へ向かう。パリス達はレインという女性と出会う。彼女がVoyagerの所在を突き止め、メッセージを送っていたのだった。そこにスターリングの部下が現れ、彼らを抹消しようとする。ジェインウェイ達はクロノワークス社に侵入し、社長のコンピュータから情報を引きだし始める。そこにスターリングがあらわれる。彼に未来の事故を説明し、説得しようとするが信用しない。Voyagerの状態は不完全のため、転送距離が短くなっていた。キムはVoyagerを大気圏に突入させ、転送装置でジェインウェイ達を回収し、続けてブラクストンの宇宙船を転送しようとする。しかし、転送ビームを使って逆にコンピュータをハッキングされ情報を引きだされてしまう。ドクターのプログラムもダウンロードされてしまった。地上の放送をモニターしていたニーリクスとケスが、ニュースに大気圏を通過したVoyagerの映像を見つける。
２９世紀からの警告（後編）	パリスとトゥボックは天文台からVoyagerに連絡をとる。ジェインウェイ達はスターリングの誘拐を考える。スターリングはドクターを起動し尋問する。パリスはレノンにスターリングをおびき出させる。スターリングは携帯型のホロエミッターを用意し、ドクターも一緒に連れていく。チャコティ達がシャトルでスターリングを転送する。ドクターはパリス達と合流した。シャトルは転送に干渉を受けて再実体化できず、転送バッファをVoyagerに写し、地表に墜落した。トゥボックとドクターがチャコティ達を救出に向かう。ジェインウェイがスターリングに問いただすと、彼は未来へ行き技術を盗もうと考えていたのだった。チャコティ達は反政府ゲリラに軍の人間と思われて監禁される。スターリングの部下が小型船の転送装置を使いスターリングを取り戻す。パリスとレノンはクロノワークスから宇宙船を積んだと思われるトラクターを追跡する。トゥボックとドクターはチャコティらを救出し、パリス達が追跡しているトラクターを破壊した。しかし、これは陽動で、クロノワークスからスターリングが乗った宇宙船が飛びだした。武器系統がうまく動かないVoyagerでジェインウェイは手動で光子魚雷を発射する。時空爆発を起こす前に無事宇宙船を破壊した。その後、時空の亀裂が発生しブラクストン艦長の乗った宇宙船が現れた。ジェインウェイは位置をこのままで時間だけ戻すことをお願いするが、時間法のためデルタ宇宙域へ戻された。
暴君の星	Voyagerは難破船からイラーリ人を救出した。彼らのうちの一人はドクターとケスの努力もむなしく死亡してしまう。ケスは死亡したイラーリ人の妻と医者をもてなす。ニーリクスはケスが約束の時間まで忘れていることに腹を立てるが、ケスはしばらく二人の間を考えなおしたほうがよいと提案する。イラーリ星から迎えが来たがケスが迎えを殺害し、二人とともにシャトルで逃亡してしまう。ケスは死亡したイラーリ人に乗っ取られていたのだった。死亡したイラーリ人はティエランという暴君で200年前に追い出されていたが精神パターンを神経系統をつかって他人に乗り移る技術を得ていた。そしてイラーリ星の王座を奪還した。ケスに乗り移った精神パターンを消去する装置をもってトゥボックが潜入するが、ケスの超能力を使いこなすティエランに簡単に発見されてしまう。ティエランは精神の奥に閉じこめたケスに攻撃を受ける。弱りながらもケスの攻撃を退けるティエラン。Voyagerの支援を受けた王子が王座を奪回し、ケスを救助する。ケスはティエランがまた他の人間に乗り移ったのを知り、第二王子に乗り移っていたティエランの精神を完全に消去した。
レディＱ	超新星の爆発を観察したVoyager。ジェインウェイは長時間の勤務から開放され私室に戻る。そこにはQがいた。Qはジェインウェイに子供を作ろうと迫ってくる。そこに女性の Qが現れ嫉妬する。超新星の爆発が多数続き、QはこれがQ2の自殺による影響だという。彼の自殺がQの社会に内乱を引き起こしていたのだった。その内乱は宇宙に影響を与え、次々に超新星爆発を起こしていたのだった。QはジェインウェイをつれてQ連続体にいってしまう。残されたレディQは力が使えなくなり、Q連続体に戻るためにVoyagerを使用する。ジェインウェイはQによって西部時代にアレンジされた連続体にいた。そこではQがリーダーとなった改革派と保守派の内乱が続いていた。Qは負傷してしまう。ジェインウェイは負傷したQをつれ味方のキャンプに逃げ込む。ジェインウェイは話し合いのため幸福を敵方につたえに行くがQが捕まり二人には死刑が宣告される。いままさに死刑が執行されるというところでVoyagerのクルー達が加勢に現れた。Qの武器を持った彼らに囲まれ革命派が勝利する。QとレディQで子供を作ることにした。その行為は指と指をつなげるだけだった。Voyagerに戻ったジェインウェイは子供を連れたQの訪問を受ける。Qは自分が子煩悩のようだと告白する。
巨大ウィルス	ジェインウェイとニーリクスがシャトルでVoyagerに戻ってくると、漂流していた。艦内は未知のエイリアンが進入しているようだった。途中ニーリクスも襲われ行方不明になる。ジェインウェイは機関室で武装し、ブリッジに乗り込む。生命反応を確認し、そこに移動するとみな病気のように意識を失っていた。そこに未知の生物が襲いかかってきた。フェイザーライフルで撃退し、医療室に逃げ込むとドクターがいた。ドクターの説明によるとVoyagerは未知のウィルスに侵されていた。ある惑星の救難信号を受けドクターが上陸調査をしたが、その転送のさいに転送バッファにウィルスが紛れ込み、ジェルパックを汚染し、あっという間に広がったというのだ。そのウィルスは次第に大きくなり、最後には30cm程になり、人間に子供を植え付けるのだった。ドクターの作ったワクチンを散布するために二手に別れ、環境制御システムへ向かう。ドクターはシャトル格納庫で足止めを受けてしまう。ジェインウェイは環境制御システムについたが、病気を恐れたタクタク人の攻撃をうけ補助パワーが破損してしまう。ジェインウェイはホロデッキにキャラクターをたくさん発生させ、ウィルスを誘導する。その間にドクターが患者にワクチンをうち、ジェインウェイはワクチン爆弾をつくり、集まっていたウィルスを殲滅した。