電磁的記録等による保存等の承認を受けている国税関係帳簿書類に係る電磁的記録又はＣＯＭに対する他の税法の適用については、その電磁的記録をその国税関係帳簿書類とみなすこととされます。（電子帳簿保存法１１@）
電子取引の取引情報に係る電磁的記録等又はその電磁的記録に代えて保存するＣＯＭに対する他の税法の規定の適用については、その電磁的記録等を国税関係帳簿書類以外の書類とみなすこととされます。（電子帳簿保存法１１A）
電磁的記録等による保存等の承認を受けている保存義務者が青色申告を行っている個人又は法人であるときは、電磁的記録又はＣＯＭによる保存等の要件違反は、青色申告の承認取消事由に該当することとされます。（電子帳簿保存法１１B）