祭神 高[霊／龍]神（たかおかみかみ）・罔象女（みずはのめ）・闇[霊／龍]神（くらおかみ）大和吉野の丹生川上神社の祭神と同じ。
※「たかおかみかみ」「くらおかみかみ」の"[ ]"に囲まれた漢字はＪＩＳコード表に無い漢字でどちらも「霊」と言う字の旧字体下に龍を書いたものです。
また、水を司る神、弥都波能売神だともいう。
賀茂氏進出以前から居住していた山背国造の祀る土地神であった。
水の神であると同時に貴船・鞍馬地域一帯の地主神でもあった。鞍馬川を含めた賀茂川上流域一帯を支配する神であった。
賀茂川の水源地に奉られていることから平安遷都後は治水の神、祈雨祈晴の神として崇敬され、弘仁九年（８１８）五月八日には大社に列せられ、同六月二一日には従五位下を授けられる。最終的には貞観一五年（８７３）には正四位下の位を授けられた。このように平安時代に急速に発展した。
弘仁九年以前は朝廷による祈雨止雨については丹生川上神社に対してなされていたが、平安京を中心とした新たな祈願社が求められ、賀茂川の上流にある貴船神社が選ばれ丹生川上神社と併せて丹貴二社と称された。
貴船の地主神が王城鎮守の神に変化し、時代とともに神格の上昇がはかられたことがうかがえる。
祭神 賀茂別雷神
川上（貴布禰神社？）から流れてきた丹塗矢と玉依姫の間に生まれた子が祭神の賀茂別雷命。
天武天皇六年（６７７）２月天皇は山背国に命じて現地に社殿を造らしめた。奈良朝を通じて神領の寄進があり、延暦十三年（７９４）平安遷都の旨を告げられ、桓武天皇は平安京守護の神と崇めた。
貴船神社と賀茂社は山宮と里宮の関係も考えられるが、丹塗矢の説話を考えると山の神である貴船と里の神の間に生まれたのが上社の賀茂別雷神であることからそうでないと考えられる。
祭神 玉依姫（媛）命（たまよりひめのみこと）（東殿）・賀茂建角身命（かものたけつねみのみこと）（西殿）
奈良中期に創始されたと考えられる。
下社の存在が確実に知られる最初は『続日本後紀』嘉祥元年（８４８）二月条に天平勝宝二年 （７５０）十二月賀茂御祖大社に御戸代田一町を充て奉ったとあるもの。
雄略朝の初期に秦氏とともに大和国の葛城から岡田へ秦氏とともに移住し、雄略朝から清寧朝 （５世紀後半頃）に現在地へ進出したと考えられる。賀茂県主による賀茂の神の祭祀もその頃に始まったと推定される。
賀茂の神は山城から木津川にそって北上し、賀茂川の上流地域に到着した新来の神。
祭礼が盛大で、平安遷都後は皇城鎮護の神社として朝廷のあつい尊崇を受ける。
５世紀頃までに設定された葛野県野首長の葛野県主に代わって登場した新たな支配者。
しかし、奈良朝までは貴布禰の神は山城国造の神、川下の賀茂の神は鴨県主の神とはっきりと区別がなされていた。
貴布禰社は上賀茂社の支配下に取り込まれたが、これは朝廷の特別な庇護のもとでも賀茂社の勢力拡大の結果であり、独自の由緒を持つ貴布禰社にとってはより不本意なことであったにちがいない。
実際に平安時代以降賀茂神社の勢力拡大の結果、一方的に賀茂神社の摂社となった。この摂社化に対して貴布禰神社は独自性を主張し、平安時代から江戸時代まで係争が続いたが、それは単なる土地争いなどではなく、もっと根の深い問題（山背国造と鴨県主の関係)
があったためと考えられる。
結局何度も訴訟を起こし、武力衝突を行ったこともあるが、独立を勝ち得たのは明治維新後である。
洪積世には京都盆地一体は海底であった。それらが徐々に隆起していって沖積世に至って陸地化を完成させた。
人類の生活跡は沖積世の初期に始まる縄文時代の物しか今のところ確認されていない。
弥生前期に北白川扇状地に水稲耕作を行う人々の集落が形成されその耕地化がすすめられてきた。
京都盆地内では早くから開発が進められていた。
左京区岡崎遺跡（北白川遺跡群）。弥生時代前期から古墳時代前期まで継承する遺跡。大規模な集落と想定。
岩倉：弥生時代後期からの集落遺蹟がある。７世紀前葉ころから丘陵で窯業生産が始まる。平安時代まで一大窯業地として煙を上げ続ける。秦氏と深く結びついているところ。
植物園北遺跡：弥生終末期から古墳前期まで続いた京都盆地屈指の大規模集落。
古代の北白川一帯については石座信仰の伝統が残存している。いつの頃から信仰がはじまったのかははっきりしないが、少なくとも古墳時代には存在していたと思われる。岩倉の山住神社はその石座信仰の拠点だった。
平安京以前の貴船神社の状況は残念ながら文書の形では残っていない。
しかし、賀茂氏侵出以前から存在したことは確かである。
特に賀茂川下流になる植物園北遺跡など時間的にも広さ的にも大きなものであり、このあたり一帯に恐らくヤマト政権に直接関係をもたない大規模な集団が居住していたことは確かである。
弥生時代には水稲耕作を行っていたので水に対する信仰があったことは想像に難くない。
そこで、賀茂川の上流、しかも水源地である山中に神を祭ることは自然のなりいきだろう。
さらに巨石信仰をもっていた人たちにとって巨石が転がる貴船は絶好の祭祀場所であったろう。
そうしているうちに賀茂氏が天皇家の尖兵として京都侵出のための橋頭堡を築きはじめ、実際に京都に都が作られるようになり、天皇家式の神社として整備されていったのではないだろうか。
あくまで想像の域を出ないが、朝廷の整備が行われる前までは集落も社殿も持たない巨石が転がる祭祀場ではなかったのだろうか。
おそらく、神社周辺を発掘すればさまざまな土器や鏡などが出土するのではないだろうか。
谷川健一編『日本の神々－神社と聖地 第五巻山城・近江』白水社，1986
森浩一企画『日本の古代遺跡２７京都Ｉ』保育社，1986
角川地名大辞典『２６ 京都府 下巻』角川書店，1982
２００３年９月２５日 変更
水龍（shuilong〉