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こちらのページでは、口唇口蓋裂に焦点を絞って、 身体障害者についてより詳しく説明をしています。 「新訂身体障害認定基準及び認定要領」（以下、同書といいます。）という 実務で認定の手引書として用いられている文献を参考にしました。（法律、厚生労働省通知も参照しています。）
前述の通り、口唇口蓋裂患者が身体障害者として認定を受けるには、
のいずれかにあたると判断される必要があることになります。
「音声機能又は言語機能の著しい障害」とは、
音声又は言語機能の障害のため、 音声、言語のみを用いて意思を疎通することが困難なもの（「同書」より）
をいいます。
そして、口唇口蓋裂に関していえば、 口唇口蓋裂の後遺症による構音器官の障害又は形態異常によるものとして、 この「言語機能の著しい障害」にあたる可能性があることになります。 （言語機能の著しい障害とは、日常生活において、 家族以外の者に言葉が通じない程度と想定されているようです。）
口唇口蓋裂の場合の「そしゃく機能の著しい障害」とは、
咬合異常によるそしゃく機能の著しい障害（「同書」より）
をいいます。
口唇裂・口蓋裂の後遺症による著しい咬合異常があり、 歯科矯正治療等を必要とする状態であれば、 咬合異常による「そしゃく機能の著しい障害」にあたる可能性があることになります。
なお、「そしゃく機能の著しい障害」と認定されるためには、 歯科矯正治療や口腔外科的手術により改善するという見込みが必要です （あくまで口唇口蓋裂患者の治療を支援するのが目的であるためです。 もちろん、そしゃく機能に著しい障害がなくては認められません。）。
この矯正歯科治療や口腔外科的手術の必要性（改善の見込み）があるかどうかを 判断するため、そしゃく機能障害については「歯科医師による診断書・意見書」が 必要とされています。