富良野医師会の歴史は、明治31年(1898)に設立された上川医会に始まります。この医会は、函館、根室、札幌に次いで4番目の設立となります。その後、上川郡医師会を経て、昭和18年4月戦時下の国家統制の線に沿って、北海道医師会上川支部が発足しました。昭和22年(1947)11月には進駐軍の提言により、それまでの医師会が解散し新制度による医師会が社団法人として誕生しました。この際、上川支部は富良野地区が所属する上川郡医師会と名寄・士別地区の上川郡名寄地区医師会とに別れました。更に昭和25年(1950)、上川郡医師会から美瑛町・当麻町などの旭川周辺地区が上川郡中央医師会として分離しました。すなわち三分された医師会の結果、上川郡医師会は昭和25年から現在の富良野医師会の範囲のみとなったのです。そして、昭和42年(1967)4月、当時の武田北海道医師会長の勧めもあり、上川郡医師会を改称し、富良野医師会となったのです。
なお、上川名寄地区医師会は、昭和28年に上川郡北部医師会と会名を変更し、さらに平成5年4月上川北部医師会と改称しています。