Ｊ編成−JR東海
F編成−JR西日本
1999年10月2日ダイヤ改正では東京−博多間ののぞみから退き、2000年秋のダイヤ改正でのぞみ運用がなくなった。2001年6月現在、のぞみは700系もしくは500系で運用され、300系はひかりの大半と東海道新幹線のこだまの一部に使われています。特に、米原・岐阜羽島停車のひかりや静岡と浜松，三島，熱海，豊橋の内一駅，または二駅に停車するひかり「ひだま」は300系限定です。これは停車駅が多いため(停車駅パターン参照)、270km/h運転をして所要時間の増大をおさえるためです。例えば、前者は京都−米原間・新横浜−小田原間等、後者は京都−名古屋間等で270km/h運転をします．(静岡に停車するひかりは京都−名古屋間ではのぞみ並に速かったりする。しかし、静岡でのぞみに抜かれちゃいますけど) また、2001年3月ダイヤ改正で登場した博多直通ひかり（ひかり101、102、103、104、105、106号）は新大阪−博多間で270km/h運転をし、2時間49分で走ります（Rail Star は平均2時間45分）。ただし、東京−新大阪間のひかりは300系でも220kmで走ってます。のんびりと。
この300系はあんまり乗り心地が良くない。特にトンネル内で対向車とすれ違うとよく揺れる。(山陽新幹線では相当なものだと思うよ。私は山陽新幹線内で300系に乗ったことないからわからないけど。新大阪−新神戸間で乗っているだろうとつっこまれそうですが、この区間ではフルスピードで走っているわけではなく、乗車時間も短いので乗り心地の評価までは出来ない。ただし、それなりに揺れは感じますけど。) さらに、500系や700系に乗ってみると300系の乗り心地の悪さがよりいっそうよくわかるでしょう。ちなみに、筆者はJ1編成(9000番台)に2度乗ったことがある。