| 船名 | 番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 配属地 |
| さあぺんす | SS-60 | おりおん型 | 監視取締艇 | 第四管区 | 名古屋 |
| さいかい | MS-02 | − | 放射能調査艇 | 第七管区 | 佐世保 |
| ざおう | PLH-05 | つがる型 | 巡視船 | 第二管区 | 宮城 |
| さぎかぜ | CL-113 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第五管区 | 姫路 |
| さくらかぜ | CL-158 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第十管区 | 喜入 |
| ささかぜ | CL-60 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第二管区 | 気仙沼 |
| さざんか | CL-107 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第七管区 | 仙崎 |
| さざんくろす | SS-69 | おりおん型 | 監視取締艇 | 第三管区 | 小笠原 |
| さたかぜ | CL-17 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第七管区 | 若松 |
| さちかぜ | CL-100 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第七管区 | 佐伯 |
| さつかぜ | CL-47 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第十管区 | 鹿児島 |
| さつき | CL-119 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第十管区 | 宮崎 |
| さつま | PL-07 | えりも型 | 巡視船 | 第十管区 | 鹿児島 |
| さとざくら | CL-145 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第七管区 | 門司 |
| さるびあ | CL-93 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第四管区 | 四日市 |
| さろま | PS-02 | しんざん型 | 巡視船 | 第一管区 | 根室 |
| さわかぜ | CL-103 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第二管区 | 青森 |
| さんべ | PS-10 | らいざん型 | 巡視船 | 第八管区 | 隠岐 |
| 船名 | 番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 配属地 |
| しおかぜ | CL-48 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第三管区 | 川崎 |
| しぎかぜ | CL-22 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第五管区 | 堺 |
| しきしま | PLH-31 | − | 巡視船 | 第一管区 | 横浜 |
| しきなみ | PC-25 | はまぐも型 | 巡視艇 | 第五管区 | 神戸 |
| しきね | PL-66 | はてるま型 | 巡視船 | 第三管区 | 横浜 |
| しずかぜ | CL-79 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第五管区 | 西宮 |
| しづき | PS-106 | あかぎ型 | 巡視船 | 第七管区 | 萩 |
| しののめ | PC-17 | はやなみ型 | 巡視艇 | 第四管区 | 鳥羽 |
| しまかぜ | CL-59 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第二管区 | 石巻 |
| しまぎり | PC-83 | しまぎり型 | 巡視艇 | 第六管区 | 広島 |
| しまぐも | PC-116 | はやぐも型 | 巡視艇 | 第十一管区 | 中城 |
| しまなみ | PC-79 | あきづき型 | 巡視艇 | 第四管区 | 名古屋 |
| しまひかり | LS-222 | はつひかり型 | 灯台見回り船 | 第六管区 | 広島 |
| しもきた | PL-118 | しれとこ型 | 巡視船 | 第二管区 | 八戸 |
| しゃちかぜ | CL-38 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第四管区 | 名古屋 |
| じゅぴたあ | SS-54 | おりおん型 | 監視取締艇 | 第六管区 | 広島 |
| 昭洋 | HL-01 | − | 測量船 | 第三管区 | 東京 |
| しょうりゅう | FL-02 | 旧ひりゅう型 | 消防船 | 第四管区 | 四日市 |
| しらうめ | CL-05 | しらうめ型 | 巡視艇 | 第三管区 | 千葉 |
| しらかみ | PM-84 | びほろ型 | 巡視船 | 第一管区 | 稚内 |
| しらぎく | CL-141 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第五管区 | 神戸 |
| しらはぎ | CL-125 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第二管区 | 宮城 |
| しりうす | SS-61 | おりおん型 | 監視取締艇 | 第四管区 | 鳥羽 |
| しれとこ | PL-101 | しれとこ型 | 巡視船 | 第一管区 | 小樽 |
| しろかぜ | CL-156 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第十管区 | 鹿児島 |
| しんざん | PS-01 | しんざん型 | 巡視船 | 第一管区 | 秋田 |
| じんべい | HS-11 | − | 測量船 | 第六管区 | 広島 |
| 船名 | 番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 配属地 |
| ずいうん | LM-101 | − | 灯台見回り船 | 第十管区 | 鹿児島 |
| すいせん | CL-147 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第八管区 | 敦賀 |
| すいりゅう | FL-05 | 旧ひりゅう型 | 消防船 | 第六管区 | 水島 |
| すいれん | CL-127 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第七管区 | 三池 |
| すぎかぜ | CL-144 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第二管区 | 秋田 |
| すこおぴお | SS-40 | ぽおらすたあ型 | 監視取締艇 | 第五管区 | 姫路 |
| すずか | PL-68 | はてるま型 | 巡視船 | 第四管区 | 尾鷲 |
| すずかぜ | CL-143 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第一管区 | 小樽 |
| すずらん | CL-256 | やまゆり型 | 巡視艇 | 第一管区 | 函館 |
| すばる | SS-37 | ぽおらすたあ型 | 監視取締艇 | 第二管区 | 宮城 |
| すぴか | SS-64 | おりおん型 | 監視取締艇 | 第三管区 | 千葉 |
| 船名 | 番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 配属地 |
| せいうん | LM-202 | はくうん型 | 灯台見回り船 | 第七管区 | 唐津 |
| せきうん | LM-203 | はくうん型 | 灯台見回り船 | 第七管区 | 門司 |
| せきかぜ | CL-57 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第七管区 | 大分 |
| せきひかり | LS-221 | はつひかり型 | 灯台見回り船 | 第七管区 | 若松 |
| せっつ | PLH-07 | つがる型 | 巡視船 | 第五管区 | 神戸 |
| せとかぜ | CL-30 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第六管区 | 玉野 |
| せとぎり | PC-12 | はやなみ型 | 巡視艇 | 第六管区 | 今治 |
| せんだい | PM-14 | なつい型 | 巡視船 | 第十管区 | 指宿 |
| 船名 | 番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 配属地 |
| そうや | PLH-01 | − | 巡視船 | 第一管区 | 釧路 |
| そでかぜ | CL-27 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第三管区 | 千葉 |
| そらかぜ | CL-131 | ひめぎく型 | 巡視艇 | 第五管区 | 関空 |
| そらち | PM-10 | なつい型 | 巡視船 | 第一管区 | 紋別 |