| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| さかて | MSC-643 | たかみ型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| さがみ | AOE-421 | − | 補給艦 | 除籍 | − |
| さきと | MSC-607 | かさど型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| さくしま |
MCL-727 (MSC-671) | はつしま型 |
掃海管制艇 (掃海艇) | 第１０１掃海隊 | 呉 |
| さくら | PF-290 | かし型 | 護衛艦 | 除籍 | − |
| さざなみ | DD-113 | たかなみ型 | 護衛艦 | 第８護衛隊 | 呉 |
| ささゆり | LSSL-444(44) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| さちしお | SS-582 | ゆうしお型 | 潜水艦 | 除籍 | − |
| さつま | LST-4153 | みうら型 | 輸送艦 | 除籍 | − |
| さみだれ | DD-106 | むらさめ型 | 護衛艦 | 第８護衛隊 | 呉 |
| さわかぜ | DDG-170 | たちかぜ型 | 護衛艦 |
護衛艦隊直轄艦 護衛艦隊旗艦 | 横須賀 |
| さわぎく | LSSL-428(28) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| さわぎり | DD-153 | あさぎり型 | 護衛艦 | 第５護衛隊 | 佐世保 |
| さわゆき | DD-125 | はつゆき型 | 護衛艦 | 第１１護衛隊 | 横須賀 |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| しい | PF-297 | かし型 | 護衛艦 | 除籍 | − |
| しきなみ |
(DD-106) TV-3503 | あやなみ型 |
（護衛艦） 練習艦 | 除籍 | − |
| しきね | MSC-613 | かさど型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| しさか | MSC-605 | かさど型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| ししじま | MSC-691 | すがしま型 | 掃海艇 | 第４６掃海隊 | 勝連 |
| しだ | LSSL-431(31) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| しまかぜ | DDG-172 | はたかぜ型 | 護衛艦 | 第１護衛隊 | 佐世保 |
| しまゆき |
（DD-133） TV-3513 | はつゆき型 |
(護衛艦) 練習艦 | 第１練習隊 | 呉 |
| しもきた（Ｉ） | LST-4002 | おおすみ型（T） | 輸送艦 | 除籍 | − |
| しもきた | LST-4002 | おおすみ型 | 輸送艦 | 第１輸送隊 | 呉 |
| しょうぶ | LSSL-440(40) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１号 | PB-901 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２号 | PB-902 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇３号 | PB-903 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇４号 | PB-904 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇５号 | PB-905 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇６号 | PB-906 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇７号 | PB-907 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇８号 | PB-908 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇９号 | PB-909 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１０号 | PB-910 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１１号 | PB-911 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１２号 | PB-912 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１３号 | PB-913 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１４号 | PB-914 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１５号 | PB-915 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１６号 | PB-916 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１７号 | PB-917 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１８号 | PB-918 | 哨戒艇１号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇１９号 | PB-919 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２０号 | PB-920 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２１号 | PB-921 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２２号 | PB-922 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２３号 | PB-923 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２４号 | PB-924 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２５号 | PB-925 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２６号 | PB-926 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| 哨戒艇２７号 | PB-927 | 哨戒艇１９号型 | 哨戒艇 | 除籍 | − |
| しらぎく | LSSL-417(17) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| しらせ(I) | AGB-5002 | − | 砕氷艦 | 除籍 | − |
| しらせ | AGB-5003 | − | 砕氷艦 | 艤装中 | − |
| しらたか | PG-829 | はやぶさ型 | ミサイル艇 | 第３ミサイル艇隊 | 佐世保 |
| しらとり |
(PC-319) ASU-66 | みずどり型 |
（駆潜艇） 特務艇 | 除籍 | − |
| しらね | DDH-143 | しらね型 | 護衛艦 | 第３護衛隊 | 舞鶴 |
| しらゆき | DD-123 | はつゆき型 | 護衛艦 | 第１１護衛隊 | 横須賀 |
| しれとこ | LST-4002 | おおすみ型（T） | 輸送艦 | 除籍 | − |
| じんつう | DE-230 | あぶくま型 | 護衛艦 | 第１５護衛隊 | 大湊 |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| すいせん | LSSL-449(49) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| すいれん | LSSL-432(32) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| すおう | ASM-4302 | ひうち型 | 多用途支援艦 | 大湊地方隊直轄艦 | 大湊 |
| すがしま | MSC-681 | すがしま型 | 掃海艇 | 第４１掃海隊 | 横須賀 |
| すぎ | PF-285 | かし型 | 護衛艦 | 除籍 | − |
| すすき | LSSL-445(45) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| すずなみ | DD-114 | たかなみ型 | 護衛艦 | 第５護衛隊 | 舞鶴 |
| すずらん | LSSL-438(38) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| すま | AGS-5103 | − | 海洋観測艦 | 海洋業務群 | 横須賀 |
| すみれ | LSSL-407(7) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| せきちく | LSSL-435(35) | ゆり型 | 警備艇 | 除籍 | − |
| せとぎり | DD-156 | あさぎり型 | 護衛艦 | 第３護衛隊 | 大湊 |
| せとしお |
（SS-575） (ATSS-8008) TSS-3602 | ゆうしお型 |
（潜水艦） （特務潜水艦） 練習潜水艦 | 除籍 | − |
| せとゆき | DD-131 | はつゆき型 | 護衛艦 | 第１２護衛隊 | 呉 |
| せんだい | DE-232 | あぶくま型 | 護衛艦 | 第１６護衛隊 | 佐世保 |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| 掃海艇１号 | MSB-701 | 掃海艇１号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇２号 | MSB-702 | 掃海艇１号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇３号 | MSB-703 | 掃海艇１号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇４号 | MSB-704 | 掃海艇１号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇５号 | MSB-705 | 掃海艇１号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇６号 | MSB-706 | 掃海艇１号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇７号 | MSB-707 | 掃海艇７号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇８号 | MSB-708 | 掃海艇７号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇９号 | MSB-709 | 掃海艇７号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇１０号 | MSB-710 | 掃海艇７号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇１１号 | MSB-711 | 掃海艇７号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| 掃海艇１２号 | MSB-712 | 掃海艇７号型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| そうや | MMC-951 | − | 機雷敷設艦 | 除籍 | − |
| そうりゅう | SS-501 | そうりゅう型 | 潜水艦 | 第５潜水隊 | 呉 |