| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| まえじま | MSC-675 | うわじま型 | 掃海艇 | 第４４掃海隊 | 舞鶴 |
| まき | PF-298 | かし型 | 護衛艦 | 除籍 | − |
| まきぐも |
(DD-114) TV-3507 | やまぐも型 |
(護衛艦) 練習艦 | 除籍 | − |
| まきしお（I） | SS-567 | うずしお型 | 潜水艦 | 除籍 | − |
| まきしお | SS-593 | おやしお型 | 潜水艦 | 第１潜水隊 | 呉 |
| まきしま | MSC-677 | うわじま型 | 掃海艇 | 第４２掃海隊 |
神戸 (阪神) |
| まきなみ（I） |
(DD-112) ASU-7014 | あやなみ型 |
（護衛艦） 特務艦 | 除籍 | − |
| まきなみ | DD-112 | たかなみ型 | 護衛艦 | 第３護衛隊 | 佐世保 |
| ましゅう | AOE-425 | ましゅう型 | 補給艦 | 第1海上補給隊 | 舞鶴 |
| まつ | PF-286 | かし型 | 護衛艦 | 除籍 | − |
| まつゆき | DD-130 | はつゆき型 | 護衛艦 | 第１２護衛隊 | 呉 |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| みうら | LST-4151 | みうら型 | 輸送艦 | 除籍 | − |
| みくま | DE-217 | ちくご型 | 護衛艦 | 除籍 | − |
| みくら | MSC-612 | かさど型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| ミサイル艇１号 | PG-821 | ミサイル艇１号型 | ミサイル艇 | 除籍 | − |
| ミサイル艇２号 | PG-822 | ミサイル艇１号型 | ミサイル艇 | 除籍 | − |
| ミサイル艇３号 | PG-823 | ミサイル艇１号型 | ミサイル艇 | 第１ミサイル艇隊 | 大湊 |
| みさご | PC-307 | かもめ型 | 駆潜艇 | 除籍 | − |
| みずどり |
(PC-311) ASU-89 | みずどり型 |
（駆潜艇） 特務艇 | 除籍 | − |
| みちしお（I） | SS-564 | あさしお型 | 潜水艦 | 除籍 | − |
| みちしお | SS-591 | おやしお型 | 潜水艦 | 第１潜水隊 | 呉 |
| みなせ | MSC-627 | かさど型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| みねぐも |
(DD-116) TV-3509 | みねぐも型 |
(護衛艦) 練習艦 | 除籍 | − |
| みねゆき | DD-124 | はつゆき型 | 護衛艦 | 第１４護衛隊 | 舞鶴 |
| みほ | MST-472 | なさみ型 | 掃海母艇 | 除籍 | − |
| みやけ | MSC-632 | たかみ型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| みやじま(I) |
(MSC-651) YAS-101 | はつしま型 |
(掃海艇) 特務船 | 除籍 | − |
| みやじま | MSC-690 | すがしま型 | 掃海艇 | 第１掃海隊 | 呉 |
| みやと | MSC-639 | たかみ型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| みょうこう | DDG-175 | こんごう型 | 護衛艦 | 第６護衛隊 | 舞鶴 |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| むづき | MSC-641 | たかみ型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| むつれ | MSC-619 | かさど型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| むらくも |
(DD-118) TV-3511 | みねぐも型 |
(護衛艦) 練習艦 | 除籍 | − |
| むらさめ（I） |
(DD-107) ASU-7006 | むらさめ型（I） |
（護衛艦） 特務艦 | 除籍 | − |
| むらさめ | DD-101 | むらさめ型 | 護衛艦 | 第１護衛隊 | 横須賀 |
| むろつ | MSC-637 | たかみ型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| むろと | ARC-482 | − | 敷設艦 | 海洋業務群 | 呉 |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| 艦名 | 艦番号 | タイプ名 | 種別 | 所属 | 定係港 |
| もがみ |
(DE-212) TV-3505 | いすず型 |
（護衛艦） 練習艦 | 除籍 | − |
| もちしお(I) | SS-575 | ゆうしお型 | 潜水艦 | 除籍 | − |
| もちしお | SS-575 | おやしお型 | 潜水艦 | 第３潜水隊 | 呉 |
| もちづき |
（DD-166） ASU-7019 | たかつき型 |
（護衛艦） 特務艦 | 除籍 | − |
| もとぶ | LST-4102 | あつみ型 | 輸送艦 | 除籍 | − |
| もみ | PF-284 | かし型 | 護衛艦 | 除籍 | − |
| もろしま（I） | MSC-663 | うじしま型 | 掃海艇 | 除籍 | − |
| もろしま | MSC-667 | はつしま型 | 掃海艇 | 除籍 | − |